Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Biak dibentuk berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor 303/KMK.01/2004 tanggal 23 Juni 2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan dan Kantor Pelayanan Perbendaharaan, merupakan unit terdepan Ditjen Perbendaharaan dalam memberikan pelayanan pencairan dana APBN, penatausahaan penerimaan negara, dan penyusunan laporan keuangan kantor/satuan kerja instansi pemerintah. KPPN Biak merupakan unit eselon III dalam lingkup Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Papua. KPPN Biak telah lama dikenal masyarakat Provinsi Papua meskipun telah beberapa kali mengalami pergantian nama, yaitu mulai dari Kantor Bendahara Negara (KBN), Kantor Perbendaharaan Negara (KPN), dan Kantor Kas Negara (KKN), yang kemudian diintegrasikan menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) pada tahun 1990 serta perubahan nama yang terakhir yaitu berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan tanggal 23 Juni 2004 Nomor 303/KMK.01/2004 menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN).