Pada awal terbentuknya, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Nunukan adalah instansi vertikal Direktorat Jenderal Anggaran di daerah yang bernama Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Nunukan, dibentuk berdasarkan surat Keputusan Direktur Jenderal Anggaran Nomor: KEP-34/A/2001 tanggal 02 Agustus 2001, dengan wilayah kerja meliputi Kabupaten Nunukan. Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara merupakan hasil pemisahan dari KPKN Tarakan yang terlebih dahulu ada.
Pada akhir tahun 2001, Kepala Kanwil Ditjen Anggaran Samarinda membentuk Tim Persiapan (detasering) yang dipimpin oleh Bapak Urip Santoso yang nantinya akan ditugaskan ke KPKN Nunukan.
Pada awal tahun 2002 KPKN Nunukan telah resmi beroperasi dengan menempati bangunan sewa di Jalan Pangeran Antasari Nunukan.
Pada tahun 2003, KPKN Nunukan diberikan ijin untuk membangun gedung sendiri dengan tanah sewa dari Pemda Nunukan yang terletak di Jalan Ujang Dewa Sedadap Nunukan. Lokasi ini berdekatan dengan perumahan Dinas Kesehatan Kab. Nunukan dan Puskesmas Sedadap.
Berdasarkan surat Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor 32/KMK.01/2004, terhitung mulai tanggal 01 Oktober 2004 Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Nunukan mengalami perubahan menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Nunukan Tipe B.
Sesuai Peraturan Menteri Keuangan Nomor 101/PMK.01/2008 Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Nunukan Tipe B mengalami perubahan nomenklatur menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Nunukan Tipe A2 untuk meningkatkan kinerja dan penyempurnaan organisasi dan tata kerja.
Pada tanggal 14 Nopember 2016 telah dilakukan Pemberian Hibah Barang Milik Daerah berupa Tanah kepada KPPN Nunukan oleh Bupati Nunukan Ibu Hj. Asmin Laura Hafid, SE,MM dan telah mendapatkan Nomer Regiser Hibah dari Ditjen PPR dengan surat Nomer: S-4505/PR.8/2016 tanggal 13 Desember 2016 Register Hibah Nomer: 25DW4KRA. Tentunya ini adalah berita yang sangat menggembirakan karena selama ini tanah KPPN Nunukan masih berupa sewa sehingga menyulitkan untuk dilakukan renovasi. Dengan adanya hibah tanah ini maka posisi KPPN Nunukan sudah aman karena tanah kantor sudah menjadi Milik Kementerian Keuangan RI.
Sesuai Peraturan Menteri Keuangan Nomor 262/PMK.01/2016, telah ditetapkan Kantor Wilayah Ditjen Perbendaharaan Prov. Kalimantan Utara, sehingga pada akhir tahun 2017 atau awal tahun 2018 Kantor Wilayah Ditjen Perbendaharaan Prov. Kalimantan Utara akan mulai beroperasi dan nantinya secara vertikal Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Nunukan Tipe A2 akan berada dibawah Kantor Wilayah Ditjen Perbendaharaan Prov. Kalimantan Utara yang berlokasi di Tanjung Selor.
