Dalam menjalankan tugas dan fungsinya, KPPN Wamena memiliki 15 Aparatur Sipil Negara(ASN) dan 6 Pegawai Pemerintah Non-Pegawai Negeri. Terdapat 1 Eselon 3, 3 Eselon 4 dan 11 Pelaksana pada KPPN Wamena, dimana 2 dari 11 pelaksana memiliki status Tugas Belajar dan sedang tidak menjalankan tugas di KPPN Wamena. 

- Balance Scorecard

Pengelolaan Kinerja berbasis Balanced Scorecard di Kementerian Keuangan secara legal formal telah ditetapkan berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 467/KMK.01/2014 tentang Pengelolaan Kinerja di Lingkungan Kementerian Keuangan, sedangkan di level Ditjen Perbendaharaan, penegasan penerapan BSc ditandai dengan ditetapkannya Keputusan Direktur Jenderal Perbendaharaan Nomor KEP-241/PB/2015 tentang Pengelolaan Kinerja di Lingkungan Ditjen Perbendaharaan.

Sejalan dengan proses penerapan Balanced Scorecard (BSc) di tingkat Kementerian Keuangan, maka Kami sebagai bagian dari Kementerian Keuangan juga telah secara serius mengadopsi manajemen kinerja berbasis Balanced Scorecard (BSc) sebagai sistem pengelolaan kinerja di Ditjen Perbendaharaan sejak akhir tahun 2014. Meskipun pada awalnya, penerapan BSc di Ditjen Perbendaharaan dihadapkan pada permasalahan masih kurangnya awareness pimpinan dan pegawai serta keraguan berbagai pihak terhadap efektivitas penerapan BSc dalam meningkatkan kinerja organisasi dan individu. Namun dalam perkembangannya, penerapan BSc di lingkungan Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Papua secara perlahan dapat diimplementasikan sesuai dengan tahapan dan rencana yang ditetapkan Kementerian Keuangan.

Penyusunan Kontrak Kinerja Kemenkeu-Two Ditjen Perbendaharaan pada Kanwil Ditjen Perbendaharaan Provinsi Papua periode Tahun berjalan dapat dilihat melalui tahapan sebagai berikut:

• Pelaksanaan Rapat Koordinasi Nasional Pengelolaan Kinerja DJPB Tahun 2017 (Kanwil dan KPPN).
• Penyusunan Langkah-Langkah Peningkatan Kualitas Pengelolaan Kinerja Ditjen Perbendaharaan Tahun 2017.
• Penghitungan Nilai Kinerja Pegawai (NKP) tahun 2016 berdasarkan Kualitas Kontrak Kinerja (K3) dengan bobot 100%.
• Digitalisasi arsip Pengelolaan Kinerja Organiasasi melalui Fitur Perekaman Dokumen Pengelolaan Kinerja dan Buku Saku Pengelolaan Kinerja

- Pakta Integritas

Dalam rangka meningkatkan implementasi tugas kepatuhan internal lingkup Direktorat Jenderal Perbendaharaan, Tahun 2014 Kami telah mengikuti Rapat Kerja Supervisi KPPN dan Kepatuhan Internal dengan melibatkan seluruh UKI lingkup Kanwil Ditjen Perbendaharaan. Selain itu, telah dilaksanakan pula pengembangan kompetensi melalui pendidikan dan pelatihan Akselerasi dan Implementasi Unit Kepatuhan Internal (AKSI UKI) yang dikoordinasikan oleh Bagian Pengembangan Pegawai melalui kerjasama dengan BPPK dan Inspektorat Jenderal Kementerian Keuangan.

Berdasarkan hasil implementasi tugas kepatuhan internal yang telah dijalankan, Kami telah mencapai beberapa prestasi yang membanggakan di lingkup Kanwil Ditjen Perbendaharaan. Selain itu, terhadap implementasi program pemberantasan korupsi dan gratifikasi serta pelaksanaan reformasi birokrasi, Kami melaksanakan kegiatan Hari Anti Korupsi yang mendapat apresiasi dari peserta yang merupakan stakeholder/satuan kerja dalam lingkup pelayanan kami. Prestasi-prestasi ini tidak lepas dari keberhasilan dalam menerapkan pelaksanaan tugas kepatuhan internal di lingkungan Kanwil Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Papua.

- Grading

Sejalan dengan program reformasi birokrasi di lingkungan Kementerian Keuangan, agenda penataan organisasi di lingkungan Kementerian Keuangan diikuti dengan pola pemeringkatan jabatan yang dituangkan dalam Keputusan Menteri Keuangan Nomor 289/KMK.01/2007, selanjutnya mengalami beberapa kali penyempurnaan, terakhir kali dengan PMK 246/PMK.01/2011. PMK ini merupakan pedoman penetapan jabatan dan peringkat pelaksana sesuai dengan kompetensi pelaksana yang dievaluasi periodik berdasarkan penilaian kinerja.

Sampai dengan saat ini, Kanwil Ditjen Perbendaharaan Propinsi Papua telah menerapkan evaluasi dan penetapan peringkat jabatan sebagai salah satu agenda pengelolaan SDM yang secara konsisten dan periodik dilaksanakan.

Lebih lanjut, sesuai amanat PMK 246/PMK.01/2011 Direktur Jenderal Perbendaharaan telah menetapkan PER-9/PB/2014 tentang Mekanisme Uji Kompetensi Penetapan Kenaikan Jabatan dan Peringkat Luar Biasa bagi Pelaksana di Lingkungan Ditjen Perbendaharaan, yang mengatur dapat diberikannya kenaikan dua sampai tiga tingkat peringkat lebih tinggi bagi para pelaksana yang memberikan ide/ terobosan/inisiatif yang bermanfaat lebih bagi organisasi, sebagai salah satu wujud apresiasi atas kinerja dan prestasi bagi para pegawai Ditjen Perbendaharaan yang memenuhi syarat.