Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Wates adalah instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan Kementerian Keuangan. Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Wates bertanggungjawab secara langsung kepada Kepala Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Propinsi D. I. Yogyakarta dan dipimpin oleh seorang Kepala Kantor setingkat Eselon IIIA. KPPN Wates bertindak sebagai entitas pelaporan tingkat Unit Akuntansi Kuasa Pengguna Anggaran (UAKPA). Saat ini Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Wates dipimpin oleh Sugiyana NIP 19690925 199703 1 002 (TMT 9 Maret 2020 s.d. Sekarang), sedangkan Kepala-kepala kantor sebelumnya antara lain Yohanes Duwiatmojo NIP 19711218 199201 1 002 (Plt. Desember 2019 - Maret 2020), Nurhidayat NIP 19650510 195203 1 002 (Plt. Agustus 2019 - November 2019), Sriwidadi NIP 19610707 198210 1 001 (Mei 2018 - Juli 2019), Mohamad Munawar, S.Sos. NIP 19700331 199703 1 001 (Maret 2015 - Mei 2018), Lili Khamiliyah, S.E., M.Si. (April 2012 - Maret 2015), Tunas Agung Jiwa Brata, S.E., M.A. (Juli 2010 - April 2012), Maksum (Plt. November 2009 - Juli 2010), Drs. Sartono, M.M. (September 2008 - November 2009), Drs. Aman Mahamel (Agustus 2006 - September 2008), Drs. Suhardjo (Pj. April 2006 - Agustus 2006),
Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Wates dibentuk berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 214/KMK.01/2005 tanggal 2 Mei 2005 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kanwil Ditjen Perbendaharaan dan KPPN dengan wilayah kerja meliputi Kab. Kulon Progo sesuai Keputusan Dirjen Perbendaharaan Nomor Kep-90/PB/2006 tanggal 29 Maret 2006, operasional KPPN Wates dimulai awal bulan April 2006 berdomisili di jalan Adhiyaksa No. 2 Wates.
Dalam melaksanakan tugas pokok dan fungsinya KPPN wates sebelumnya menempati gedung pinjaman dari BRI Cabang Wates seluas 460 m2, sesuai perjanjian pinjam pakai no. 05 tanggal 11 Mei 2006 dan berakhir 31 maret 2008. namun berdasarkan surat Kepala KPPN Wates Nomor S-259/WPB.14/KP.0210/2008 tanggal 3 Maret 2008 telah disampaikan permohonan perpanjangan masa pinjam pakai hingga akhir Maret 2012, dan telah disahkan oleh Notaris Siti Baroroh, SH dengan akta perjanjian pinjam pakai no. 25 tanggal 23 Juni 2008.
KPPN Wates saat ini telah memiliki sebidang tanah di Desa Triharjo seluas 5000 m2 yang dibeli dari dana bersumber dari DIPA Kantor Pusat Ditjen Perbendaharaan melalui SKPA Nomor SKPA-099-02/0001/PB/2007 Tanggal 15 November 2007. Sedangkan melalui SKPA nomor SKPA-706/WPB.11/PB.2/2008 Tanggal 20 Agustus 2008 telah dilaksanakan Pembangunan Gedung KPPN Wates Tahap I sesuai Kontrak dengan PT. Tripatra Indosinergi Nomor 3/K/FSK/KPPN/GED/XI/2008 tanggal 6 November 2008, Addendum I Nomor 1/ADK/FSK/KPPN/GED/XII/2008 tanggal 10 Desember 2008 serta Addendum II Nomor 2/ADK/FSK/KPPN/GED/XII/2008 tanggal 15 Desember 2008 yang berlangsung mulai tanggal 6 November 2008 sampai dengan tanggal 25 Desember 2008.
Sedangkan Pembangunan Gedung KPPN Wates Tahap II telah dilaksanakan pada tahun anggaran 2009 sesuai kontrak dengan PT. Eka Sekawan Sejahtera Nomor 3/K/FSK/KPPN/GED/VI/2009 tanggal 17 Juni 2009 yang berlangsung mulai tanggal 17 Juni 2009 sampai dengan tanggal 14 September 2009.
Terhitung mulai tanggal 21 Desember 2009 KPPN Wates telah menempati gedung yang baru selesai pembangunannya pada 14 September 2009. Dengan demikian operasional KPPN Wates saat ini dilaksanakan di Gedung KPPN Wates yang beralamat di jalan KHA. Dahlan KM. 2,2 Wates Kulon Progo Propinsi D. I. Yogyakarta.
