Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Republik Indonesia nomor 262/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan. Kantor Wilayah Ditjen Perbendaharaan Provinsi Kalimantan merupakan instansi vertikal setingkat unit eselon II yang berada di bawah Direktorat Jenderal Perbendaharaan dan bertanggung jawab langsung kepada Direktur Jenderal perbendaharaan. Kantor Wilayah Ditjen Perbendaharaan Provinsi Kalimantan Selatan terdiri dari :

1) Bagian Umum;

2) Bidang Pembinaan Pelaksanaan Anggaran I (PPA I);

3) Bidang Pembinaan Pelaksanaan Anggaran II (PPA II);

4) Bidang Supervisi KPPN dan Kepatuhan Internal (SKKI);

5) Bidang Pembinaan Akuntansi dan Pelaporan Keuangan (PAPK); dan

6) Kelompok Jabatan Fungsional.

Apabila digambarkan secara menyeluruh, struktur organisasi Kanwil DJPb Provinsi Kalimantan akan tampak seperti pada Bagan I.

Bagan I. Struktur Organisasi Kanwil DJPb Provinsi Kalimantan Selatan