Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara merupakan Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan dan merupakan unit terdepan atau ujung tombak dari Direktorat Jenderal Perbendaharaan dalam memberikan pelayanan publik. KPPN Kendari berlokasi di Jalan Mayjen Sutoyo No.5 Tipulu, Kecamatan Kendari Barat, Kota Kendari, Provinsi Sulawesi Tenggara.
KPPN Kendari didirikan pada tanggal 1 Maret 1967 yang pada saat itu dinamakan Kantor Pembantu Bendahara Negara (KPBN) Kendari, dan menjadi Kantor Bendahara Negara (KBN) Kendari pada bulan Januari tahun 1969. Pada tanggal 1 April 1975 melalui keputusan Menteri Keuangan Nomor KEP-405/MK/6/4/75 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Departemen Keuangan, Kantor Bendahara Negara diubah menjadi Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) dan Kantor Kas Negara (KKN), dan dengan SK Menteri Keuangan tanggal 12 Juni 1989 nomor 645/KMK.01/1989 yang berlaku efektif per 1 April 1990, KPN dan KKN digabung menjadi KPKN (Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara), dan terakhir sejak tahun 2005 KPKN Kendari berubah menjadi KPPN (Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara) Kendari.
Melalui surat Sekretaris Direktorat Jenderal Perbendaharaan Nomor S-404/PB/2008 Tanggal 22 Januari 2008 dan Nomor S-509/PB/2008 Tanggal 28 Januari 2008, terhitung mulai tanggal 2 Februari 2008 KPPN Kendari merupakan salah satu KPPN yang ditunjuk menjadi KPPN Percontohan, dan telah di launching pada tanggal 14 Februari 2008 oleh Direktur Jenderal Perbendaharaan yang diwakili oleh Direktur Akuntansi dan Pelaporan Keuangan, Kantor Pusat Ditjen Perbendaharaan.
Sebagai salah satu instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan khususnya selaku kantor pengelola dana APBN, KPPN Kendari tahun 2020 melayani pembayaran 272 Satker (DIPA) termasuk didalamnya satker Badan Layanan Umum Badan Layanan Umum serta Transfer ke Daerah dan Dan Desa dengan wilayah meliputi Provinsi Sulawesi Tenggara, Kota Kendari, Kabupaten Konawe, Kabupaten Konawe Selatan, Kabupaten Konawe Utara, Kabupaten Bombana, dan Kabupaten Konawe Kepulauan, serta terdapat 1 Satker yang masuk wilayah Kabupaten Buton Utara (KPU Buton Utara).
Untuk Mendukung konsep pelayanan KPPN Percontohan, maka dilakukan penataan layout yang memisahkan ruangan kerja Front Office, Middle Office, dan Back Office. Untuk mempermudah pelayanan kepada masyarakat sekaligus menghindari kontak langsung maka semua pelayanan langsung dilayani oleh petugas Front Office (FO). Penataan ruangan disusun sedemikian rupa hingga dapat mempermudah alur proses penyelesaian SP2D yang merupakan tugas utama KPPN. Antar seksi dibatasi sekat antar ruangan, sedangkan antara kepala seksi pencairan dana, kepala seksi bank, seksi verifkasi dan akuntansi, serta kepala seksi menajemen satker dan kepatuhan internal hanya dibatasi sekat setinggi 1,25 m. Hal ini dimaksudkan agar setiap kepala seksi dapat melakukan pengawasan secara langsung kepada setiap pelaksananya dan sebagai upaya mendukung transparansi dalam hal pelayanan ke satuan kerja.
