Pada awalnya, KPPN Khusus Pinjaman dan Hibah bernama KPPN Khusus Jakarta VI yang dibentuk berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan Nomor KEP-54/KMK.05/1999 tanggal 10 Februari 1999. Sebagaimana KPPN pada umumnya, KPPN Khusus Jakarta VI merupakan ujung tombak pelayanan publik. KPPN Khusus Jakarta VI menjalankan fungsi sebagai Kuasa Bendahara Umum Negara (Kuasa BUN) di daerah, yang melayani penyaluran dan penarikan Pinjaman/Hibah Luar dan Dalam Negeri atas beban APBN serta menatausahakannya sesuai peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Pada 6 November 2012 dengan terbitnya Peraturan Menteri Keuangan Nomor 169/PMK.01/2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Ditjen Perbendaharaan, maka KPPN Khusus Jakarta VI resmi berganti nama menjadi KPPN Khusus Pinjaman dan Hibah.

Ditinjau dari tugas dan fungsinya KPPN Khusus Pinjaman dan Hibah bertanggungjawab kepada Kantor Wilayah DJPb Provinsi DKI Jakarta. KPPN ini karena merupakan satu-satunya KPPN di Indonesia yang melayani penarikan dana Pinjaman/Hibah Luar Negeri melalui SP2D Reksus Valas, SKP L/C, Surat Penarikan Dana (Withdrawal Application), serta menerbitkan antara lain: Surat Pengantar-Surat Penarikan Dana (Cover Letter-Withdrawal Application), Surat Perintah Pembukuan/Pengesahan (SP3).