Terdapat dua bagian besar perubahan struktur organisasi di DJPb yaitu perubahan struktur organisasi kantor pusat dan kantor vertikal. Perubahan ini dipengaruhi oleh beberapa faktor yaitu Transformasi Kelembagaan di Kementerian Keuangan, Penajaman Fungsi Perbendaharan serta Implementasi SPAN. Khusus untuk KPPN, Gambar di bawah ini menjelaskan perubahan struktur organisasi KPPN ke depan.

KPPN Kutacane memiliki tugas melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan bendahara umum, penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Dalam menyelenggarakan tugas sebagaimana dimaksud, KPPN Kutacane memiliki fungsi Pengujian terhadap dokumen surat perintah pembayaran berdasarkan peraturan perundang-undangan;

1. Penerbitan surat perintah pencairan dana dari kas negara atas nama Menteri Keuangan (Bendahara Umum Negara);
2. Penyaluran pembiayaan atas beban APBN;
3. Penilaian dan pengesahan terhadap penggunaan uang yang telah disalurkan;
4. Penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara melalui dan dari kas negara;
5. Pengiriman dan penerimaan kiriman uang;
6. Penyusunan laporan pelaksanaan anggaran pendapatan dan belanja negara;
7. Penyusunan laporan realitas pembiyaan yang berasal dari pinjaman dan hibah luar negara;
8. Penyelenggaraan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi;
9. Pembuatan tanggapan dan peyelesaian temuan hasil pemeriksaan;
10. Pelaksanaan kehumasan;
11. Pelaksanaan administrasi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara.

Sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 169/PMK.01/2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, KPPN Kutacane merupakan KPPN tipe A2. Struktur organisasi KPPN Kutacane terdiri dari Subbagian Umum, Seksi Pencairan Dana dan Manajemen Satker, Seksi Bank, dan Seksi Verifikasi dan Kepatuhan Internal, yang masing-masing memiliki tugas sebagai berikut :

SUBBAGIAN UMUM

Subbagian Umum mempunyai tugas memiliki pengelolaan organisasi, kinerja, SDM, dan keuangan, penatausahaan user  SPAN, penyusunan bahan masukan dan konsep Renstra, Renja, RKT, PK, LAKIN PKKN, serta tata usaha, rumah tangga dan kehumasan.

SEKSI PENCAIRAN DANA DAN MANAJEMEN SATKER

Seksi Pencarian Dana dan Manajemen Satker mempunyai tugas melakukan pengujian resume tagihan dan SPM, penerbitan SP2D, penerbitan Surat Pengesahan Pendapatan dan Belanja BLU, penerbitan Surat Pengesahan atas Ralat SPM dari satuan kerja dan Nota Dinas Kesalahan dan Perbaikan SP2D Hasil Verifikasi pada KPPN, dan pengelolaan data kontak, data supplier, belanja pegawai satker,dan monitoring dan evaluasi penyerapan anggaran satker,serta melakukan pembinaan dan bimbingan teknis pengelolaan perbendaharaan,fungsi customer service, supervisi teknis SPAN dan helpdesk SAKTI, pemantauan standar kualitas layanan KPPN, dan penyediaan layanan perbendaharaan

SEKSI BANK

Seksi Bank mempunyai tugas melakukan penyelengaraan transaksi pencairan dana, fungsi cash management, penerbitan Daftar Tagihan, pengelolaan rekening Kuasa BUN dan Bendahara serta penatausahaan penerimaan negara.

SEKSI VERIFIKASI, AKUNTANSI, DAN KEPATUHAN INTERNAL

Seksi Verifikasi, Akuntansi, dan Kepatuhan Internal mempunyai tugas melakukan verifikasi kuasa BUN, realisasi dan analisis kinerja anggaran, analisis data statistik laporan keuangan, pemantauan pengendalian intern, pengelolaan risiko, kepatuhan terhadap kode etik dan disiplin pegawai, dan tindak lanjut hasil pegawasan.