KPPN selaku Kuasa Bendahara Umum Negara memiliki tugas dan fungsi dalam penyaluran pembiayaan atas beban APBN, penatausahaan penerimaan dan pengeluaran Negara melalui kas dan dari kas Negara, penatausahaan PNBP, penyusunan laporan pelaksanaan anggaran pendapatan dan belanja Negara, dan penyelenggaraan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi. Berbagai kinerja baik berupa output maupun outcomes yang akan dicapai oleh KPPN, terutama dalam hal pelayanan kepada stakeholders (satuan kerja/mitra kerja), diantaranya adalah:
Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 169/PMK.01/2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Merauke mempunyai tugas KPPN Tipe A1 yaitu melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan bendahara umum Negara, penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan.
KPPN dalam melaksanakan tugasnya menyelenggarakan fungsi sebagai berikut :
VISI
MISI
Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Merauke merupakan satuan kerja vertikal di bawah naungan Direktorat Jenderal Perbendaharaan, Kementerian Keuangan. Untuk tingkat wilayah, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Merauke bertanggungjawab langsung kepada Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Negara Provinsi Papua di Jayapura.
Berkedudukan di Jalan Prajurit Nomor 1 Merauke, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Merauke mempunyai tugas dan fungsi dalam melaksanakan tugas-tugas dan fungsi Direktorat Jenderal Perbendaharaan Negara di daerah, khususnya dalam wilayah kerja Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Merauke, yaitu meliputi Kabupaten Merauke, Kabupaten Mappi, Kabupaten Asmat, dan Kabupaten Boven Digoel
Menurut Damaris Nari, pegawai KPPN Merauke yang pensiun per 1 Januari 2020, lokasi berdirinya KPPN Merauke saat ini, mulai digunakan sebagai kompleks perkantoran Kementerian Keuangan (dahulu Departemen Keuangan) sejak tahun 1977. Pada tahun 1977 terdapat lima kantor berdiri di lokasi KPPN Merauke saat ini, yaitu Kantor Pelayanan Pajak (KPP), Kantor Bendahara Negara (KBN), Kantor Kas Negara (KKN), satker verifikasi KBN dan KKN, serta satker Pemeriksa Keuangan dan Pembangunan. Dalam perkembangannya, KPP membangun gedung kantor sendiri di Jalan Raya Mandala Muli Merauke dan satker Pemeriksa Keuangan dan Pembangunan dilikuidasi.
Sedangkan tiga kantor lainnya yaitu KBN, KKN dan satker verifikasi KBN dan KKN adalah cikal bakal KPPN Merauke saat ini. Pada tahun 90-an KBN dan KKN digabung menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN). Satker verifikasi berubah nama menjadi Kantor Tata Usaha Anggaran (KTUA) dan kemudian berubah nama lagi menjadi Kantor Verifikasi Pelaksanaan Anggaran (KASIPA). Selanjutnya di tahun 2005, KASIPA dilikuidasi dan fungsinya dilebur ke dalam seksi verifikasi dan akuntansi (vera) KPPN Merauke saat ini. Selain dari fungsi KASIPA, seksi vera KPPN saat ini juga mendapatkan sebagian tugas dari Kantor Akuntansi Regional (KAR) yang juga dilikuidasi di sekitar tahun 2005. Sehingga KPKN berubah nama menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) seperti dikenal saat ini.
Kepala KPPN