KPPN selaku Kuasa Bendahara Umum Negara memiliki tugas dan fungsi dalam penyaluran pembiayaan atas beban APBN, penatausahaan penerimaan dan pengeluaran Negara melalui kas dan dari kas Negara, penatausahaan PNBP, penyusunan laporan pelaksanaan anggaran pendapatan dan belanja Negara, dan penyelenggaraan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi. Berbagai kinerja baik berupa output maupun outcomes yang akan dicapai oleh KPPN, terutama dalam hal pelayanan kepada stakeholders (satuan kerja/mitra kerja), diantaranya adalah:

1. Pencairan dana APBN melalui penerbitan SP2D dapat dilaksanakan secara benar, tepat waktu, dan akurat;
2. Melaksanakan penyusunan laporan keuangan dalam bentuk LKPP tingkat kuasa BUN yang merupakan pertanggungjawaban atas pelaksanaan anggaran, yang terkait dengan fungsi akuntansi dan pelaporan keuangan dengan melaksanakan pembinaan akuntansi keuangan Negara yang bertujuan untuk meningkatkan akuntabilitas pengelolaan keuangan Negara guna terwujudnya laporan keuangan pemerintah yang tepat waktu, andal, dan transparan;
3. Melakukan bimbingan teknis kepada mitra kerja dalam pelaksanaan anggaran dan pertanggungjawaban pelaksanaan anggaran

Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 169/PMK.01/2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Merauke mempunyai tugas KPPN Tipe A1 yaitu melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan bendahara umum Negara, penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan.

KPPN dalam melaksanakan tugasnya menyelenggarakan fungsi sebagai berikut :

1. Pengujian terhadap dokumen surat perintah membayar berdasarkan peraturan perundang-undangan;
2. Penerbitan surat perintah pencairan dana dari kas negara atas nama Menteri Keuangan (Bendahara Umum Negara);
3. Penyaluran pembiayaan atas beban APBN;
4. Penilaian dan pengesahan terhadap penggunaan uang yang telah disalurkan;
5. Penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara melalui dan dari kas negara;
6. Pengiriman dan penerimaan kiriman uang;
7. Penyusunan laporan pelaksanaan anggaran pendapatan dan belanja negara;
8. Penyusunan laporan realisasi pembiayaan yang berasal dari pinjaman dan hibah luar negeri;
9. Penatausahaan Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP);
10. Penyelenggaraan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi;
11. Pembuatan tanggapan dan penyelesaian temuan hasil pemeriksaan;
12. Pelaksanaan kehumasan;
13. Pelaksanaan administrasi KPPN.

Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Merauke merupakan satuan kerja vertikal di bawah naungan Direktorat Jenderal Perbendaharaan, Kementerian Keuangan. Untuk tingkat wilayah, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Merauke bertanggungjawab langsung kepada Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Negara Provinsi Papua di Jayapura.

Berkedudukan di Jalan Prajurit Nomor 1 Merauke, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Merauke mempunyai tugas dan fungsi dalam melaksanakan tugas-tugas dan fungsi Direktorat Jenderal Perbendaharaan Negara di daerah, khususnya dalam wilayah kerja Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Merauke, yaitu meliputi Kabupaten Merauke, Kabupaten Mappi, Kabupaten Asmat, dan Kabupaten Boven Digoel

Menurut Damaris Nari, pegawai KPPN Merauke yang pensiun per 1 Januari 2020, lokasi berdirinya KPPN Merauke saat ini, mulai digunakan sebagai kompleks perkantoran Kementerian Keuangan (dahulu Departemen Keuangan) sejak tahun 1977. Pada tahun 1977 terdapat lima kantor berdiri di lokasi KPPN Merauke saat ini, yaitu Kantor Pelayanan Pajak (KPP), Kantor Bendahara Negara (KBN), Kantor Kas Negara (KKN), satker verifikasi KBN dan KKN, serta  satker Pemeriksa Keuangan dan Pembangunan. Dalam perkembangannya,  KPP membangun gedung kantor sendiri di Jalan Raya Mandala Muli Merauke dan satker Pemeriksa Keuangan dan Pembangunan dilikuidasi.

Sedangkan tiga kantor lainnya yaitu KBN, KKN dan satker verifikasi KBN dan KKN adalah cikal bakal KPPN Merauke saat ini. Pada tahun 90-an KBN dan KKN digabung menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN). Satker verifikasi berubah nama menjadi Kantor Tata Usaha Anggaran  (KTUA)  dan kemudian berubah nama lagi menjadi Kantor Verifikasi Pelaksanaan Anggaran (KASIPA). Selanjutnya di tahun 2005, KASIPA dilikuidasi dan fungsinya dilebur ke dalam seksi verifikasi dan akuntansi (vera)  KPPN Merauke saat ini. Selain dari fungsi KASIPA, seksi vera KPPN saat ini juga mendapatkan sebagian tugas dari Kantor Akuntansi Regional (KAR) yang juga dilikuidasi di sekitar tahun 2005. Sehingga  KPKN berubah nama menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) seperti dikenal saat ini.

Kepala KPPN

1. Edy Julianto (2002-2004)
2. Jauhari Junus (2004-2005)
3. Sarono (2005-2007)
4. Nirman (2007-2009)
5. Puji Ardi Susetyo (2009-2011)
6. Ander (2011-2012)
7. Muhammad Yusuf Salim (2012-2014)
8. Nurwendi Tjahjono (2014-2016)
9. Alexander Budi Dayantoro (2016-2019)
10. I Made Ambara Sugama (2019-2021)
11. Jaka Susila (2021-saat ini)

...