KPPN selaku Kuasa Bendahara Umum Negara memiliki tugas dan fungsi dalam penyaluran pembiayaan atas beban APBN, penatausahaan penerimaan dan pengeluaran Negara melalui kas dan dari kas Negara, penatausahaan PNBP, penyusunan laporan pelaksanaan anggaran pendapatan dan belanja Negara, dan penyelenggaraan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi. Berbagai kinerja baik berupa output maupun outcomes yang akan dicapai oleh KPPN, terutama dalam hal pelayanan kepada stakeholders (satuan kerja/mitra kerja), diantaranya adalah:

1. Pencairan dana APBN melalui penerbitan SP2D dapat dilaksanakan secara benar, tepat waktu, dan akurat;
2. Melaksanakan penyusunan laporan keuangan dalam bentuk LKPP tingkat kuasa BUN yang merupakan pertanggungjawaban atas pelaksanaan anggaran, yang terkait dengan fungsi akuntansi dan pelaporan keuangan dengan melaksanakan pembinaan akuntansi keuangan Negara yang bertujuan untuk meningkatkan akuntabilitas pengelolaan keuangan Negara guna terwujudnya laporan keuangan pemerintah yang tepat waktu, andal, dan transparan;
3. Melakukan bimbingan teknis kepada mitra kerja dalam pelaksanaan anggaran dan pertanggungjawaban pelaksanaan anggaran

Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 169/PMK.01/2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Merauke mempunyai tugas KPPN Tipe A1 yaitu melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan bendahara umum Negara, penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan.

KPPN dalam melaksanakan tugasnya menyelenggarakan fungsi sebagai berikut :

1. Pengujian terhadap dokumen surat perintah membayar berdasarkan peraturan perundang-undangan;
2. Penerbitan surat perintah pencairan dana dari kas negara atas nama Menteri Keuangan (Bendahara Umum Negara);
3. Penyaluran pembiayaan atas beban APBN;
4. Penilaian dan pengesahan terhadap penggunaan uang yang telah disalurkan;
5. Penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara melalui dan dari kas negara;
6. Pengiriman dan penerimaan kiriman uang;
7. Penyusunan laporan pelaksanaan anggaran pendapatan dan belanja negara;
8. Penyusunan laporan realisasi pembiayaan yang berasal dari pinjaman dan hibah luar negeri;
9. Penatausahaan Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP);
10. Penyelenggaraan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi;
11. Pembuatan tanggapan dan penyelesaian temuan hasil pemeriksaan;
12. Pelaksanaan kehumasan;
13. Pelaksanaan administrasi KPPN.