Berdiri pada tahun 1986, tepatnya pada tanggal 17 Maret 1986. Dengan pegawai sekitar 90-an orang dan 5 tenaga honorer, KPPN pertama kali berdiri dengan nama Kantor Perbendaharan Negara (KPN) Mojokerto. KPN Mojokerto berada langsung di bawah Kantor Wilayah IX Direktorat Jenderal Anggaran Surabaya, Direktorat Jenderal Anggaran, Depatemen Keuangan Republik Indonesia.
Setelah beberapa tahun berselang KPN Mojokerto berubah nama menjadi KPKN (Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara) Mojokerto sekitar tahun 1989 sesuai dengan Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor 645/KMK.01/1989 yang mengatur Organisasi dan Tata Kerja instansi vertikal Direktorat Jenderal Anggaran untuk menyempurnakan Keputusan Menteri Keuangan sebelumnya yaitu Nomor 205/KMK.01/1983. Pada tahun 2003 sejalan dengan reformasi birokrasi yang diadakan Departemen Keuangan, KPKN Mojokerto diubah namanya kembali menjadi KPPN (Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara) Mojokerto yang berada di bawah Direktorat Jenderal Perbendaharaan dan Kantor Wilayahnya adalah Kantor Wilayah DirektoratJenderal Perbendaharaan Provinsi Jawa Timur. KPPN Mojokerto bertahan hingga saat ini dengan telah menyandang nama menjadi KPPN Percontohan Tipe A1, yang sebelumnya adalah tipe A2.
Seiring dengan dicanangkannya reformasi birokrasi di lingkungan Kementerian Keuangan maka KPPN Mojokerto memberikan pelayanan kepada Satuan Kerja lingkup KPPN Mojokerto dengan cepat, tepat, transparan, dan tanpa biaya sesuai dengan janji layanan KPPN Mojokerto. Penanaman perubahan pola pikir dan integritas pegawai dilakukan secara terus menerus melalui role model pimpinan (Change Agent), dan tak kalah penting melalui bidang seni melalui penciptaan Lagu Mars KPPN Mojokerto sebagai simbol orientasi pelayanan.
Semua pelayanan yang diberikan kepada Satker dilakukan di ruang Front Office secara one stop service. Mulai dari penerimaan surat, penyerahan SPM, konsultasi dan lain sebagainya dilayani di ruang front office ini. Ruang front office KPPN Mojokerto terletak di bagian depan gedung kantor dengan layout yang tertata rapi dilengkapi dengan pendingin ruangan. Disediakan ruang tunggu yang cukup memadai yang dilengkapi dengan media informasi kepada Satker antara lain papan informasi, daftar layanan utama yang inovatif serta dilengkapi dengan pengumuman mengenai media pengaduan, jam layanan kantor dan lain sebagainya yang semuanya dapat memberikan informasi yang memadai kepada Satker. Di samping ruang tunggu terdapat ruang Mini TLC (Tresury Learning Center) yang disediakan sebagai ruang belajar bagi satker/tamu yang ingin mempelajari aplikasi atau hal lainnya.
