Pengendalian intern merupakan proses integral pada tindakan dan kegiatan yang dilaksanakan secara terus menerus oleh pimpinan dan seluruh pegawai untuk memberikan keyakinan memadai atas tercapainya tujuan organisasi melalui kegiatan yang efektif dan efisien, kenadalan pelaporan keuangan, pengamanan aset negara, dan ketaatan terhadap peraturan perundang-undangan. Setiap pimpinan dan pegawai di lingkungan KPPN Wates perlu meningkatkan penerapan pengendalian intern secara sistematis, terstruktur, dan terdokumentasi dengan baik untuk mendapatkan hasil yang maksimal.

Seksi Verifikasi, Akuntansi, dan Kepatuhan Internal KPPN Wates sebagai Unit Kepatuhan Internal (UKI) KPPN memiliki tugas untuk melakukan pemantauan pengendalian intern dalam rangka memastikan bahwa pengendalian yang ditentukan telah dijalankan dan rancangan pengendalian telah memadai.

Untuk memastikan kepatuhan pelaksanaan tugas dan proses bisnis pada KPPN Wates, telah dilakukan pengendalian intern oleh Unit Kepatuhan Internal sebagai second line defend melalui kegiatan antara lain :
1. Pemantauan Kode Etik
2. Pengendalian Gratifikasi
3. Pengelolaan Pengaduan
4. Pencegahan Fraud dan Benturan Kepentingan
5. Pengelolaan Manajemen Risiko