Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Barabai merupakan salah satu instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan di lingkup wilayah Ditjen Perbendaharaan Provinsi Kalimantan Selatan, pada awalnya dikenal sebagai Kantor Perbendaharaan Negara dan Kantor Kas Negara Barabai. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan Nomor 205/KMK.01/1983 diresmikanlah Kantor Perbendaharaan Negara dan Kantor Kas Negara Barabai pada tanggal 23 Maret 1985 oleh Bapak P. Rajagukguk, S. H. selaku Kepala Kanwil IX Ditjen Anggaran dan mulai difungsikan dengan wilayah kerja meliputi Kab. Hulu Sungai Tengah, Kab. Hulu Sungai Utara dan Tabalong.
Selanjutnya, seiring dengan perkembangan zaman yang mengacu kepada pola penyederhanaan organisasi, maka berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan Nomor 645/KMK.01/1989 tanggal 12 Juni 1989 dan Surat Edaran Direktur Jenderal Anggaran Nomor: SU-1077/A/1989 pada tanggal 14 September 1989 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Anggaran, Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) dan Kantor Kas Negara (KKN) digabung menjadi satu institusi menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN). Kemudian, terhitung mulai tanggal 1 April 1990, KPN dan KKN Barabai diintegrasikan menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN Tipe C).
Adanya perkembangan zaman yang semakin pesat menuntut adanya reformasi birokrasi pada Kementerian Keuangan guna menjaga terciptanya pelayanan publik yang semakin baik, transparan dan akuntabel, sehingga sesuai dengan Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor: KEP-303/KMK.01/ 2004 KPKN berubah menjadi KPPN yang merupakan instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan. Kemudian melalui Keputusan Direktur Jenderal Perbendaharaan Nomor: KEP-163/PB/2012 tanggal 16 Juli 2012 tentang Penerapan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Percontohan di Lingkungan Direktorat Jenderal Perbendaharaan Tahap IV, KPPN Barabai dinyatakan sebagai KPPN Percontohan terhitung sejak 1 Oktober 2012.
Tuntutan teknologi saat ini mengharuskan KPPN Barabai untuk mengikuti perkembangan zaman dalam memberikan pelayanan kepada satuan kerja/mitra kerja. Tidak hanya penggunaan aplikasi yang kini berbasis IT yang silih berganti, standar pelayanan pun kini memiliki standar baku yang semakin dinamis dari waktu ke waktu. Pada tahun 2008, Direktorat Jenderal Perbendaharaan mengeluarkan anjuran penerapan ISO 9001:2008 tentang Mutu Pelayanan pada seluruh kantor vertical di bawahnya. Pada awal penerapan ISO 9001:2008, KPPN Barabai belum termasuk kedalam salah satu KPPN yang telah menerapkan ISO 9001:2008 sebagai standar pelayanannya. Kemudian pada tahun 2017 hingga sekarang, KPPN Barabai menerapkan SMM ISO 9001:2015 sebagai standar pelayanan.
Kemudian pada 10 Desember 2020, KPPN Barabai merupakan salah satu kantor vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan yang menyandang predikat Wilayah Bebas Korupsi (WBK). Sesuai pada Peraturan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi Nomor 52 tahun 2014 tentang Pedoman Pembangunan Zona Integritas Menuju Wilayah Bebas dari Korupsi dan Wilayah Birokrasi Bersih dan Melayani, berikut yang dimaksud Zona Integritas. Wilayah Bebas Korupsi adalah predikat yang diberikan kepada suatu unit kerja yang memenuhi sebagian besar manajemen perubahan, penataan tatalaksana, penataan sistem manajemen SDM, penguatan pengawasan, dan penguatan akuntabilitas kinerja.