Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Kotamobagu dibentuk berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan RI tanggal 23 Juli 2001 Nomor 442/KMK.1/2001 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Anggaran, Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara, dan Kantor Verifikasi Pelaksanaan Anggaran; dan mulai beroperasi sesuai Surat Edaran Kepala Kantor Wilayah XXVII Direktorat Jenderal Anggaran tanggal 22 Nopember 2001 Nomor SE-1646/WA.27/BD.05/2001 terhitung mulai tanggal 3 Desember 2001. Pada saat itu masih menggunakan nama Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN Kotamobagu).
Seiring reformasi di bidang Keuangan Negara dengan lahirnya UU No.17 tahun 2003 tentang Keuangan Negara dan UU No.1 tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara, sesuai Keputusan Menteri Keuangan RI tanggal 23 Juni 2004 Nomor : 303/KMK.01/2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan dan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara, nama KPKN Kotamobagu berganti menjadi KPPN Kotamobagu.
Sejak tahun 2001 sampai dengan awal November 2004, KPPN Kotamobagu masih menggunakan gedung kantor yang dipinjamkan oleh Pemerintah Daerah Kabupaten Bolaang Mongondow yang beralamat di Jalan Brigjen Katamso No.430 Kotamobagu. Saat ini, KPPN Kotamobagu menempati gedung baru yang beralamat di Jalan Paloko Nomor 7 Kotamobagu, Sulawesi Utara.Gedung ini mulai dipakai sejak tanggal 5 November 2004 dan diresmikan oleh Menteri Keuangan Republik Indonesia, Ibu Sri Mulyani, pada hari Jum’at tanggal 20 Januari 2006.
Dalam rangka mewujudkan tata kelola pemerintahan yang baik (good governance), pimpinan Kementerian Keuangan bertekad untuk membentuk suatu kantor pelayanan di lingkungan Direktorat Jenderal Perbendaharaanyang dapat memberikan peningkatan layanan yang lebih cepat, akurat, tanpa biaya serta penyelesaiannya dilakukan secara transparan. Pembentukan kantor pelayanan percontohan ini telah direalisasikan diseluruh daerah menjadi KPPN Percontohan.
Berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 303/KMK.01/2004 tanggal 23 Juni 2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan dan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara,yang terakhir diubah dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 169/PMK.05/2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan,KPPNKotamobagu merupakan instansi vertikal Ditjen Perbendaharaanyang berada dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala Kantor Wilayah Ditjen PerbendaharaanProvinsi Sulawesi Utara. Sebagai unit organisasi di bawah payung Kementerian Keuangan, maka sudah sewajarnya apabila tugas dan fungsi KPPN Kotamobagudidasarkan pada KeputusanMenteri Keuangan, yaitumelaksanakan fungsi dan tugas dalam bidang perbendaharaan.
Dengan berlandaskan semangat Nilai-nilai Kementerian Keuangan yaitu Integritas, Profesionalisme, Sinergi, Pelayanan dan Kesempurnaan, KPPN Kotamobagu siap memberikan layanan terbaik kepada para pemangku kepentingan.KPPN Kotamobagu mempunyai peran yang penting dalam proses pencairan dana APBN, penatausahaan penerimaan negara, dan pertanggungjawaban pelaksanaan anggaran di wilayah Bolaang Mongondow Raya, Sulawesi Utara. Sejalan dengan reformasi birokrasi dalam rangka menuju tata kelola pemerintahan yang baik (good governance), KPPN Kotamobagu sebagai instansi pemerintah telah melakukan perubahan paradigma layanan dengan memberikan layanan yang cepat, tepat, akurat, bebas gratifikasi, serta mengedepankan transparansi dalam melakukan pekerjaan.
