Larantuka adalah Kerajaan Katolik pertama di Nusantara yang berdiri sejak abad 13, sehingga dikenal juga dengan sebutan Serambi Vatikan. Pada abad 20, pemerintahan Kerajaan Larantuka dibubarkan dan dimasukan ke dalam wilayah administratif Provinsi Nusa Tenggara Timur (NTT). Larantuka merupakan sebuah kecamatan di Kabupaten Flores Timur, Provinsi NTT, sekaligus sebagai ibu kota dari Kabupaten Flores Timur.
Luas kecamatan Larantuka sebesar 75,91 Km2. Secara geografis, Kecamatan Larantuka yang terdiri dari 18 kelurahan dan 2 desa, berbatasan dengan Kecamatan lie Mandiri di sebelah Utara, Selat Solor di sebelah Selatan. Sebelah Timur berbatasan dengan Selat Adonara dan Kecamatan Demon Pagong untuk batas Barat Larantuka.
Sedangkan KPPN Larantuka berdiri berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Republik Indonesia nomor 303/KMK.01/2004 tanggal 23 Juni 2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan dan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara. KPPN Larantuka termasuk KPPN Tipe A2, merupakan KPPN ke 6 di Provinsi NTT.
KPPN Larantuka merupakan pemekaran dari KPPN Ende dengan wilayah kerja Kabupaten Flores Timur dan Kabupaten Lembata. Ada 3 hal yang menjadi pertimbangan terbentuknya KPPN Larantuka, yaitu:
- Semakin besarnya volume kerja KPPN Ende, yang disebabkan karena terbentuknya Kabupaten Lembata sebagai pemekaran Kabupaten Flores Timur dan Dinas-Dinas/Kantor otonom sebagai dampak dari Otonomi Daerah;
- Untuk mengantisipasi perkembangan perekonomian di daerah dimana dapat menekan biaya adminstrasi dan meningkatkan produktivitas dan pendapatan masyarakat;
- Untuk mendekatkan pelayanan kepada masyarakat.
Peresmian didirikannya KPPN Larantuka dilaksanakan pada 5 Januari 2005 oleh Kepala Kantor Wilayah XXII Direktorat Jenderal Perbendaharaan Kupang saat itu yaitu Dra. Rosari Arwati, yang dihadiri oleh para Kepala KPPN di Provinsi NTT, yang bertemapt pada kantor sementara di Jalan Reinha Rosari nomor 1 Larantuka. Kantor sementara ini menempati gedung dari Kantor Kodim Larantuka.
Kemudian pada Juni 2006, KPPN Larantuka pindah menempati gedung sendiri di Jalan Jenderal Sudirman nomor 48, Kelurahan Sarotari Kecamatan Larantuka.
Dalam perjalanannya KPPN Larantuka menggunakan pola KPPN Konvensional hingga akhir tahun 2009. Kemudian pada bulan Oktober 2009, secara resmi menerapkan pola KPPN Percontohan yang mengikuti SOP KPPN Percontohan dan Lay Out yang dirubah menjadi pelayanan One Stop Service.
KPPN Larantuka berhasil meraih sertifikasi ISO 9001:2015 pada yahun 2015, yang artinya KPPN Larantuka diakui dapat memberikan pelayanan yang berorientasi untuk memenuhi kepuasan pelanggan (customer satisfaction) dan peningkatan proses terus menerus (continual processes improvement).
Pada tahun 2019, KPPN Larantuka memperoleh pengakuan secara formal dari KemenPAN-RB melalui penghargaan unit kerja berpredikat Wilayah Bebas dari Korupsi.
Sampai dengan saat ini, KPPN Larantuka berupaya menghadapi Revolusi Industri 4.0 dengan cara mengimplementasikan aplikasi berbasis web (SAKTI) dan Office Automation.
