- Penghargaan KEMENPAN-RB untuk Wilayah Bebas Korupsi, diserahkan tahun 2019;
- Penghargaan Permerintah Kab. Lembata untuk Penyaluran DAK Fisik dan Dana Desa tahun 2019;
- Penghargaan Sekda Flores Timur untuk Kantor Ramah Difabel tahun 2020;
- Penghargaan BNI Larantuka untuk Kantor Instansi Pemerintah Dengan Fasilitas Ruang Layanan Terbaik Kab. Flores Timur tahun 2019;
- Penghargaan BRI Larantuka untuk Kantor Instansi Pemerintah dengan Layout Front Office Terbaik Wilayah Flotim tahun 2019;
- Penghargaan Kanwil DJPb NTT sebagai Peringkat Ketiga Penilaian Laporan UAKBUN-D Lingkup Kanwil DJPb Provinsi NTT Tahun 2019;
- Penghargaan Kanwil DJPb NTT sebagai Peringkat Pertama Satker dengan Kinerja Kualitas Pelaksanaan Anggaran sampai dengan Triwulan ke-3 Tahun 2019 Lingkup Kanwil DJPb Provinsi NTT;
- Penghargaan Kanwil DJPb NTT sebagai Peringkat Pertama Kinerja KPPN berdasar Pembinaan dan Supervisi KPPN Semester I Tahun 2019 Lingkup Kanwil DJPb. Provinsi NTT;
- Penghargaan Kanwil DJPb NTT sebagai Peringkat Pertama Kinerja KPPN atas Pelaksanaan Rekonsiliasi Eksternal s.d. Triwulan III Tahun 2019 Lingkup Kanwil DJPb Provinsi NTT;
- Penghargaan Kanwil DJPb NTT sebagai KPPN Terbaik Dalam Penyaluran Dana Transfer Semester I tahun 2020;
- Penghargaan Kanwil DJPb NTT sebagai KPPN Peringkat Pertama Kinerja Pelaksanaan Anggaran (IKPA) BUN s.d. Triwulan III 2020;
- Penghargaan Kanwil DJPb NTT sebagai KPPN Peringkat Pertama Pengelolaan Barang Milik Negara Semester I Tahun 2020;
- Penghargaan Kanwil DJPb NTT sebagai KPPN Peringkat Kedua Kinerja Penyaluran TKDD Tahun 2020;
- Penghargaan Kanwil DJPb NTT sebagai KPPN Pengelola Media Sosial tahun 2020;
- Penghargaan Kanwil DJPb NTT sebagai KPPN Terbaik dalam Penyampaian LKPD tahun 2020;
- Penghargaan Kanwil DJPb NTT sebagai Peringkat Kedua Nilai Kinerja KPPN dalam Pembinaan & Supervisi KPPN Semester I Tahun 2020;
- Pada tahun 2021, KPPN Larantuka berhasil menjadi Juara Kategori Kualitas Laporan Barang Milik Negara Klasterisasi Satker Menengah dalam BMN Awards di Lingkungan Kementerian Keuangan Tahun 2021.
