KPPN Makale dipimpin oleh seorang Kepala Kantor dan didukung oleh sumber daya manusia yang terdiri dari 3 orang pejabat eselon III, dan 8 orang pelaksana. Dari 8 orang pelaksana, sebanyak 4 orang merupakan lulusan dari program D1 dan D3 STAN, serta 4 orang lulusan SMA.