KPPN Atambua sebagai instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan mempunyai tanggung jawab untuk melakukan rekonsiliasi pajak pusat dan daerah. Rekonsiliasi kali ini dilakukan pada hari Selasa (27/8) bersama KPP Pratama Atambua dan pemerintah daerah Kabupaten Malaka.