Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan RI Nomor 262/PMK.01/2016 tanggal 30 Desember 2016, KPPN Atambua sebagai KPPN Tipe A2, mempunyai tugas sebagai berikut :

Melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan bendahara umum negara, penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan.

Dalam melaksanakan tugas tersebut, KPPN Atambua menyelenggarakan fungsi :

1. pengujian terhadap surat perintah pembayaran berdasarkan peraturan perundang-undangan;
2. penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D) dari kas negara atas nama Menteri Keuangan selaku Bendahara Umum Negara (BUN);
3. penyaluran pembiayaan atas beban Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara APBN;
4. penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara melalui dan dari Kas Negara;
5. penyusunan laporan pelaksanaan pendapatan dan belanja negara;
6. pelaksanaan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi serta pertanggungjawaban bendahara
7. pembinaan dan pelaksanaan monitoring dan evaluasi Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP);
8. pelaksanaan tugas kepatuhan internal;
9. pelaksanaan manajemen mutu layanan;
10. pelaksanaan manajemen hubungan pengguna layanan (customer relationship management);
11. pelaksanaan tugas dan penyusunan laporan Pembina Pengelola Perbendaharaan (treasury management representative);
12. pelaksanaan dukungan penyelenggaraan sertifikasi bendahara;
13. pengelolaan rencana penarikan dana;
14. pengelolaan rekening pemerintah;
15. pelaksanaan fasilitasi Kerjasama Ekonomi dan Keuangan Daerah;
16. pelaksanaan layanan bantuan (helpdesk) penerimaan negara;
17. pelaksanaan sistem akuntabilitas dan kinerja;
18. pelaksanaan monitoring dan evaluasi kredit program;
19. pelaksanaan Kehumasan dan layanan Keterbukaan Informasi Publik (KIP);
20. pelaksanaan administrasi Kantor Perbendaharaan Negara (KPPN).