Sesuai perkembangan, kebutuhan, dan perannya nama Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) mengalami beberapa kali perubahan. Pada masa penjajahan Belanda dinamakan CKC (Central Kantor Comtabilited) dan Slank Kas. Setelah Proklamasi Kemerdekaan RI, antara tahun 1945-1947 Kas Negara dipegang langsung oleh bangsa Indonesia sendiri dan sejak itu nama CKC dan Slank Kas di-Indonesiakan, CKC menjadi KPPN (Kantor Pusat Perbendaharaan Negara), sedangkan Slank Kas menjadi KKN (Kantor Kas Negara). Pada saat itu, ditetapkan juga bahwa KPPN dan KKN tersebar di seluruh wilayah Indonesia, sehingga pada tahun 1951 Pemerintah Indonesia menetapkan bahwa di tiap-tiap karesidenan terdapat Kas Negara. Selanjutnya, pada tahun 1968 nama KPPN dan KKN digabung menjadi KBN (Kantor Bendahara Negara). Namun, pada tahun 1974, KBN dipecah kembali menjadi KPN (Kantor Perbendaharaan Negara) dan KKN (Kantor Kas Negara).
Seiring dengan perkembangan jaman yang mengacu pada pola penyederhanaan organisasi maka berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor 645/KMK.01/1989 tanggal 12 Juni 1989 dan Surat Edaran Direktur Jenderal Anggaran nomor : SE-1077/A/1989 tanggal 14 September 1989 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Anggaran, sejak tanggal 1 April 1990 KPN dan KKN digabung menjadi KPKN (Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara). Dasar pertimbangan penggabungan ini diantaranya adalah dalam rangka efisiensi dan mengurangi jalur birokrasi dalam pelayanan kepada masyarakat yang semula dilakukan oleh dua kantor yang berbeda menjadi hanya satu kantor, yang kita kenal dengan istilah SAMSAT (Sistem Administrasi Manunggal Satu Atap). Pertimbangan lain penggabungan institusi ini adalah berkurangnya beban kerja Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) yang disebabkan oleh dialihkannya pembayaran pensiun ke PT. Taspen dan Perum Asabri dan dialihkannya pembayaran secara tunai pada Kantor Kas Negara (KKN) menjadi pembayaran secara giral pada Bank-Bank Pemerintah yang ditunjuk.
Perubahan lain yang cukup mendasar adalah beralihnya peran KPKN selaku Ordonatur kepada Pengguna Anggaran/Kuasa Pengguna Anggaran. Peran ini cukup strategis yaitu melakukan pengujian atas permintaan pembayaran dari pihak-pihak yang memiliki hak tagih kepada negara. Peralihan ini dimaksudkan untuk meningkatkan akuntabilitas dan menjamin terselenggaranya saling uji antar instansi dalam pelaksanaan anggaran. Pada titik ini, KPKN yang menjalankan fungsi Kuasa Bendahara Umum di Daerah berubah menjadi KPPN (Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara).
Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara atau disingkat dengan KPPN merupakan ujung tombak pelayanan publik yang menjalankan fungsi sebagai Bendahara Umum Negara. KPPN Atambua adalah instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan yang berada dalam Wilayah Kerja Kantor Wilayah Ditjen Perbendaharaan Provinsi Nusa Tenggara Timur.
KPPN Atambua secara resmi beroperasi sejak tanggal 1 September 2003. Pada saat itu masih bernama Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) di bawah Direktorat Jenderal Anggaran (DJA). Latar belakang pembentukan KPPN Atambua karena semakin besarnya volume kerja KPPN Kupang selaku KPPN Induk, sehingga diperlukan pembentukan kantor baru untuk tujuan mendekatkan pelayanan pada masyarakat dan mendukung perkembangan perekonomian di daerah.
Saat pertama kali beroperasi, KPPN Atambua menempati gedung kantor pinjaman dari Pemerintah Daerah Kab. Belu di Jalan Basuki Rahmat, samping Gedung DPRD Kabupaten Belu. Kantor tersebut cukup sempit dan tidak memadai untuk mendukung pelaksanaan tugas pelayanan kepada masyarakat. Akhirnya setelah 3 tahun beroperasi, tepatnya pada tahun 2006 KPPN Atambua telah memiliki gedung kantor sendiri di Jalan Diponegoro yang lebih memadai untuk aktifitas pekerjaan dan memiliki ruangan kantor yang lebih besar dari sebelumnya. Peresmian kantor pada tanggal 30 September 2006 dillakukan secara langsung oleh Direktur Jenderal Perbendaharaan saat itu, Bapak Mulia P. Nasution.
Seiring dengan reformasi birokrasi di Departemen Keuangan maka terhitung 5 Oktober 2009 KPPN Atambua mulai menerapkan sistem kerja/SOP KPPN Percontohan. Penerapan SOP KPPN Percontohan in diharapkan akan meningkatkan pelayanan publik oleh KPPN, khususnya terkait dengan pencairan dana APBN yang dapat diproses cepat, tepat, serta tanpa biaya (no cost).
