Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Bogor  sebagai instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan  yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala Kantor Wilayah dan dipimpin oleh seorang Kepala Kantor, awalnya merupakan unit  vertikal dari Ditjen Anggaran (DJA) Kementerian Keuangan yang telah ada sejak zaman Belanda (sekitar tahun 1800-an) dengan nama Central Kantoor voor de Comptabiliteit  (CKC) atau Kantor Pusat Perbendaharaan Negara (KPPN)  yang mempunyai tugas  melaksanakan kewenangan  ordonansering.  Pada waktu itu di seluruh Indonesia hanya ada 9 kantor CKC yang lokasinya di Sumatra, Jawa, Kalimantan, dan Sulawesi.

            Lokasi CKC pada Zaman Pemerintahan Belanda (tahun 1800-an)

Sumber :  Direktorat Jenderal Anggaran dari masa ke masa : 1999: hal 27

Pelaksanaan fungsi ordonansering oleh CKC sangat berkaitan dengan pelaksanaan fungsi komptabel atau fungsi bendaharawan umum yang dilaksanakan oleh Landkassen yang pada perkembangan selanjutnya disebut Kantor Kas Negara (KKN). Landkassen pada zaman Belanda telah ada di 7 Kepulauan dan di 22 kota di seluruh Indonesia.

Pada tahun 1964 berdasarkan Keputusan Menteri Urusan Pendapatan, Pembiayaan, dan Pengawasan (Menteri P3) tanggal 22 Desember 1964 No. PKN/1/64 dilakukan integrasi Kantor Pusat Perbendaharaan Negara (KPPN), Kantor Kas Negara (KKN), dan Kantor Pengawas Kas (KPKas) kedalam satu instansi yang disebut Kantor Bendahara Negara (KBN) yang berada di ibukota propinsi, sedangkan di Bogor dibentuk Kantor Pembantu Bendahara Negara (KPBN).

Namun demikian berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan tanggal 3 Maret 1983 Nomor 205/KMK.01/1983 Kantor Bendahara Negara (KBN) dipecah lagi menjadi Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) dan Kantor Kas Negara (KKN).

Seiring dengan perkembangan jaman  yang mengacu pada pola penyederhanaan organisasi maka  berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan Nomor 645/KMK.01/1989 tanggal 12 Juni 1989 dan Surat Edaran Direktur Jenderal Anggaran nomor: SE-1077/A/1989 tanggal 14 September 1989 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Anggaran    Kantor Perbendaharaan Negara (KPN)  dan Kantor Kas Negara (KKN)  digabung menjadi satu institusi menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN). Dasar pertimbangan dari penggabungan ini antara lain  adalah dalam rangka efisiensi dan mengurangi jalur birokrasi dalam pelayanan kepada masyarakat yang semula dilakukan oleh dua kantor yang berbeda menjadi hanya satu kantor. Pertimbangan  lain  penggabungan institusi ini adalah dikarena berkurangnya beban kerja Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) yang disebabkan oleh dialihkannya pembayaran pensiun  ke PT. Taspen dan Perum Asabri.  Juga dialihkannya pembayaran secara tunai pada Kantor Kas Negara menjadi pembayaran secara giral pada Bank-Bank Pemerintah yang ditunjuk.

Perkembangan organisasi terus berjalan seiring dengan kebutuhan jaman, untuk lebih meningkatkan pelayanan publik secara transparan dan akuntabel serta sebagai wujud dari pelaksanaan  reformasi birokrasi maka terhitung mulai tanggal 01 Oktober 2004  dengan berdasar pada  Surat Keputusan Menteri Keuangan Nomor 302/KMK/2004 dan 203/KMK/2004 KPKN  Bogor berubah  menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Bogor tipe A.

Selanjutnya dalam rangka meningkatkan kinerja Kantor Vertikal di lingkungan Direktorat Jenderal Perbendaharaan, serta penyempurnaan terhadap organisasi dan tata kerja Kantor Wilayah dan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara maka sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan nomor: 101/PMK.01/2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Bogor Tipe A mengalami perubahan tipe menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Bogor Tipe A1.

Berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Perbendaharaan Nomor KEP-163/PB/2012 tanggal 16 Juli 2012 tentang Penetapan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Percontohan di Lingkungan Direktorat Jenderal Perbendaharaan Tahap VI, terhitung mulai tanggal 1 Oktober 2012 KPPN Bogor telah ditetapkan sebagai KPPN Percontohan dimana proses pekerjaannya berpedoman pada Standar Prosedur Operasi/Standard Operating Procedures KPPN percontohan serta mempedomani Peraturan Direktur Jenderal Perbendaharaan Nomor PER-30/PB/2012 tanggal 28 September 2012 tentang Tata Kelola Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Percontohan di Lingkungan Direktorat Jenderal Perbendaharaan. Hal ini sejalan dengan  implementasi dari reformasi birokrasi pemerintah di Kementerian Keuangan khususnya di lingkungan Direktorat Jenderal Perbendaharaan. KPPN Bogor memiliki wilayah kerja 3 (tiga) kabupaten/kota, yaitu: Kota Bogor, Kabupaten Bogor dan Kota Depok.