Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Jakarta III (KPPN Jakarta III) terletak di Jl. Otto Iskandardinata Nomor 53 – 55, Jakarta Timur. Adapun di dalam perkembangannya, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Jakarta III telah banyak mengalami perubahan nama. Pada masa penjajahan Belanda bernama CKC (Central Kantor Comtabilited) dan Slank Kas. Setelah Proklamasi Kemerdekaan RI, antara tahun 1945-1947 Kas Negara dipegang langsung oleh bangsa Indonesia sendiri dan saat itu nama CKC dan Slank Kas di-Indonesiakan, yaitu CKC menjadi KPPN (Kantor Pusat Perbendaharaan Negara), sedangkan Slank Kas menjadi KKN (Kantor Kas Negara) yang pada akhirnya ditetapkan saat itu juga bahwa KPN dan KKN tersebar di seluruh wilayah Indonesia.Pada tahun 1951, pemerintah Indonesia menetapkan bahwa di tiap-tiap Karesidenan terdapat Kas Negara, kemudian pada tahun 1968 nama KPPN dan KKN digabung menjadi KBN (Kantor Bendahara Negara).
Seiring dengan perkembangan jaman yang mengacu pada pola penyederhanaan organisasi maka berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan Nomor 645/KMK.01/1989 tanggal 12 Juni 1989 dan Surat Edaran Direktur Jenderal Anggaran Nomor : SE-1077/A/1989 tanggal 14 September 1989 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Anggaran, sejak tanggal 1 April 1990 KPN dan KKN digabung menjadi KPKN (Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara). Dasar pertimbangan dari penggabungan ini antara lain adalah dalam rangka efisiensi dan mengurangi jalur birokrasi dalam pelayanan kepada masyarakat yang semula dilakukan oleh dua kantor yang berbeda menjadi hanya satu kantor, yang kita kenal dengan istilah SAMSAT (Sistem Administrasi Manunggal Satu Atap). Pertimbangan lain penggabungan institusi ini adalah berkurangnya beban kerja Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) yang disebabkan oleh dialihkannya pembayaran pensiun ke PT. Taspen dan Perum Asabri dan dialihkannya pembayaran secara tunai pada Kantor Kas Negara (KKN) menjadi pembayaran secara giral pada Bank-Bank Pemerintah yang ditunjuk.
Begitu pula halnya perubahan KPKN yang cukup mendasar, diantaranya peran selaku Ordonatur yang memiliki kewenangan di bidang ordonansering yaitu melakukan pengujian atas permintaan pembayaran oleh instansi/satuan keja atau pihak-pihak yang memiliki hak tagihan pada negara beralih kepada Pengguna Anggaran/Kuasa Pengguna Anggaran, dalam hal ini adalah pimpinan satuan kerja/instansi. Sementara KPPN melaksanakan fungsi sebagai Bendahara Umum Negara (Comptabel).Perubahan ini diharapkan dapat memberikan pelayanan yang lebih baik kepada masyarakat secara cepat, tepat dan sistematis.
Selanjutnya pada tahun 2004, untuk lebih meningkatkan pelayanan publik secara transparan dan akuntabel serta sebagai wujud dari pelaksanaan reformasi birokrasi maka berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan Nomor 302/KMK.01/2004 dan 203/KMK.01/2004 KPKN Jakarta III berubah menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Jakarta III tipe A.
Dalam rangka meningkatkan kinerja Kantor Vertikal di lingkungan Direktorat Jenderal Perbendaharaan, serta penyempurnaan terhadap organisasi dan tata kerja Kantor Wilayah dan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara maka sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan nomor 101/PMK.01/2008 Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Tipa A mengalami perubahan tipe termasuk KPPN Jakarta III yang menjadi Tipe A1.
KPPN Jakarta III adalah KPPN Tipe A1 yang merupakan instansi vertikal dibawah Kantor Wilayah Ditjen Perbendaharaan Provinsi DKI Jakarta. Berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan nomor 169/PMK.01/2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Ditjen Perbendaharaan, KPPN Tipe A1 mempunyai tugas melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan bendahara umum negara, penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan.