KPPN Malang pada tahun 2013 telah meraih beberapa prestasi antara lain mendapatkan predikat Wilayah Bebas Korupsi/Wilayah Birokrasi Bersih dan Melayani (WBK dan WBBM) dari Kementerian PAN & RB. Juga pada tahun 2013, KPPN Malang memperoleh predikat KPPc (Kantor Pelayanan Percontohan) terbaik tingkat Kementerian Keuangan.

KPPN Malang pada tahun 2018 mendapatkan sertifikat ISO 9001:2015 untuk Penerapan Sistem Manajemen Mutu. ISO 9001 merupakan standar internasional di bidang sistem manajemen mutu. Dalam hal ini, lembaga/organisasi yang telah mendapatkan akreditasi ISO tersebut, dapat dikatakan telah memenuhi persyaratan internasional dalam hal manajemen penjaminan mutu produk/jasa yang dihasilkannya yang bisa diterapkan dalam setiap jenis organisasi/perusahaan berdasarkan persyaratan 10 klausul, yaitu:

1. Ruang lingkup;
2. Rujukan normatif;
3. Istilah dan definisi;
4. Konteks organisasi;
5. Kepemimpinan;
6. Perencanaan Sistem Manajemen Mutu;
7. Pendukung;
8. Operasi;
9. Evaluasi Kinerja;
10. Perbaikan.

 Adapun, beberapa penghargaan dan prestasi KPPN Malang  dalam kurun waktu 7 Tahun terakhir adalah sebagai berikut:

1. Pemenang Kantor Percontohan Terbaik Tingkat Kemenkeu 2013;
2. Kantor Berpredikat WBK/WBBM dari Kemenpan RB Tahun 2013;
3. Kantor Bersertifikat ISO 9001: 2008 Tahun 2014;
4. Kantor Bersertifikat ISO 9001: 2015 Tahun 2018;
5. KPPN A1 Non Provinsi Peringkat 2 Periode Semester 1 Tahun 2018 Untuk Pengelolan Kinerja Kas;
6. KPPN A1 Non Provinsi Peringkat 1 Periode Semester 2 Tahun 2018 Untuk Pengelolan Kinerja Kas ;
7. KPPN A1 Non Provinsi Peringkat 3 Periode Tahun 2018 Untuk Pengelolan Kinerja.