KPPN Malang pada tahun 2013 telah meraih beberapa prestasi antara lain mendapatkan predikat Wilayah Bebas Korupsi/Wilayah Birokrasi Bersih dan Melayani (WBK dan WBBM) dari Kementerian PAN & RB. Juga pada tahun 2013, KPPN Malang memperoleh predikat KPPc (Kantor Pelayanan Percontohan) terbaik tingkat Kementerian Keuangan.
Pada tahun 2024 KPPN Malang mendapatkan sertifikat ISO 9001:2015 untuk Penerapan Sistem Manajemen Mutu. ISO 9001 merupakan standar internasional di bidang sistem manajemen mutu. Dalam hal ini, lembaga/organisasi yang telah mendapatkan akreditasi ISO tersebut, dapat dikatakan telah memenuhi persyaratan internasional dalam hal manajemen penjaminan mutu produk/jasa yang dihasilkannya yang bisa diterapkan dalam setiap jenis organisasi/perusahaan berdasarkan persyaratan 10 klausul, yaitu:
- Ruang lingkup;
- Rujukan normatif;
- Istilah dan definisi;
- Konteks organisasi;
- Kepemimpinan;
- Perencanaan Sistem Manajemen Mutu;
- Pendukung;
- Operasi;
- Evaluasi Kinerja;
- Tindakan Perbaikan.
KPPN Malang pada tahun 2024 juga mendapatkan sertifikat SMAP ISO 37001:2016 untuk penerapan Sistem Manajemen Anti Penyuapan (SMAP).
Adapun, beberapa penghargaan dan prestasi KPPN Malang dalam beberapa tahun terakhir adalah sebagai berikut:
1. Peringkat 1 Sebagai KPPN dengan Hasil Evaluasi Pelaksanaan Tugas Kepatuhan Internal Terbaik Tahun 2023 Lingkup Kanwil DJPB Provinsi Jawa Timur.
2. Peringkat 3 Sebagai KPPN Terbaik Atas Capaian Nilai IKU Individual (IKU Lama Target Baru) Tahun 2023 Lingkup Kanwil DJPB Provinsi Jawa Timur.
3. Peringkat 3 Sebagai KPPN Tercepat Kategori Penyampaian Laporan Monev Penyaluran Pembiayaan UMi Tahun 2023 Lingkup Kanwil DJPB Provinsi Jawa Timur.
4. Peringkat 3 Sebagai KPPN Terbaik Penilaian Laporan Keuangan Tingkat Kuasa BUN-D Tahun 2022 Lingkup Kanwil DJPB Provinsi Jawa Timur.
5. Peringkat 3 Sebagai KPPN Terbaik Atas Capaian Nilai Indikator Kinerja Utama Individual (IKU Inti) Tahun 2023 Lingkup Kanwil DJPB Provinsi Jawa Timur.
6. 15 Besar Treasury Performing Art Competition (TPAC) Tahun 2024 Kategori Tari Kontemporer atas nama Tim Arthaloka:
- Rifqi Ahmaddzun Nadhor
- Mutiara Egi Saputri
- Prasetyo Hawicaksono
- Sachrul Damh
7. Peringkat 3 Lomba Esai Tingkat Wilayah Jawa Timur dalam rangka Hari Bakti Perbendaharaan Tahun 2024.
8. Juara 1 Lomba Fotografi dalam rangka Hari Bakti Perbendaharaan Kanwil DJPb Jawa Timur 2024 atas nama Rifqi Ahmaddzun Nadhor
9. Juara 2 Lomba Karikatur dalam rangka Hari Bakti Perbendaharaan Kanwil DJPbJawa Timur 2024 atas nama Mutiara Egi Saputri.
10. Juara 3 Lomba Vlog Ramadhan DJPb 2025 atas nama Rifqi Ahmaddzun Nadhor dan Dito Wedyahusada.
11. Juara 1 Lomba Tahfidz Quran Juz 30 kategori ASN Putri Kemenkeu 2025 atas nama Irfani Rosyidah Rahmah.
12. Juara III Challenge Fotografi UMKM yang diselenggarakan oleh KPPN Batam atas nama Ananda Ayudhya Prasanti.
13. Peringkat II KPPN Penyalur Dana Desa Tercepat TA 2025 lingkup Kanwil DJPb Provinsi Jawa Timur.
14. Peringkat II II KPPN dengan Persentase Nilai Transaksi KKP Terbaik Terhadap Target Triwulan II 2025 lingkup Kanwil DJPb Provinsi Jawa Timur.
15. Peringkat I Nilai Indikator Kinerja Pelaksanaan Anggaran KPPN Sebagai BUN Periode s.d. Bulan Mei 2025 Kategori KPPN A1.
