Di jaman kolonial KPPN Manado adalah Central Kantoor Voor De Comptabiliteit (CKC) yang berkedudukan di kompleks Sekolah Suster Tomohon.
Setelah penyerahan kedaulatan oleh Belanda kepada Indonesia, kantor ini dinamakan Kantor Pusat Perbendaharaan (KPP) yang berkedudukan di Tomohon.
Tahun 1951 berubah menjadi Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) yang lokasinya berada di kompleks Bukit Inspirasi Tomohon.
Tahun 1957/1958 pada zaman pergolakan PRRI/Permesta secara berangsur angsur dipindahkan ke kota Manado dengan mengambil tempat sebagian di gedung kantor dewan Minahasa (Gedung Joeang ) dan sebagian lagi di kantor percetakan negara tikala Manado.
Tahun 1965 KPN berubah menjadi KBN yaitu Kantor Bendahara Negara.
Tahun 1970 terjadi kebakaran sehingga sebagian dipindahkan ke jalan Bethesda No. 8 dan menempati gedung baru.
Tahun 1975 berubah menjadi 2 kantor dengan nama Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) dan Kantor Kas Negara (KKN).
Tahun 1990 Kantor Kas Negara dan Kantor Perbendaharaan Negara digabung menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN).
Tahun 2002 KPKN Manado pindah di jalan 17 Agustus No.34 Manado.
Tahun 2005 KPKN berubah menjadi KPPN yaitu Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara.
Terhitung mulai tanggal 30 Juli 2007 dengan dicanangkannya reformasi birokrasi KPPN Manado menjadi KPPN Percontohan tahap I bersama dengan 17 KPPN di Propinsi lainnya.