KPPN Poso merupakan salah satu instansi vertikal dibawah naungan Direktorat Jenderal Perbendaharaan Kementerian Keuangan, yang sebelum reorganisasi Kementerian Keuangan bernama Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara Poso. KPPN Poso berada dan bertanggung jawab langsung kepada Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Sulawesi Tengah sesuai dengan Keputusan Menteri Keuangan RI No. 214/KMK.1/2005 tanggal 02 Mei 2005.
Awal berdirinya kantor ini pada tahun 1973 dengan nama Kantor Bendaharawan Negara (KBN), yang kemudian pada tahun 1981 dibagi menjadi dua kantor yaitu Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) dan Kantor Kas Negara (KKN). Pada masa itu Kantor Perbendaharaan Negara bertugas memeriksa tagihan yang dibebankan kepada negara dan menerbitkan Surat Perintah Membayar (SPM) dan Kantor Kas Negara (KKN) bertugas sebagai bendaharawan Umum yang atas dasar Surat Perintah Membayar yang diterbitkan oleh Kantor Perbendaharaan Negara Poso membayar secara tunai kepada yang berhak. Pada masa itu semua penerimaan dan pengeluaran negara diterima dan dibayar secara tunai kepada Kantor Kas Negara.
Pada tahun 1990 KPN dan KKN Poso ini digabung menjadi satu dengan nama Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Poso, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan Nomor : 645/KMK.01/1989 yang kemudian disempurnakan dengan surat Keputusan Menteri Keuangan Nomor : 102/KMK.01/1993 tanggal 03 Februari 1993.
Sejak penggabungan dua kantor ini maka KPKN membuka rekening pada bank-bank BUMN dan bank-bank swasta sebagai Bank Operasional dan Bank Persepsi, dan tidak lagi membayar dan menerima secara tunai semua pengeluaran dan penerimaan Negara. Pada masa itu fungsi Kantor Perbendaharaan dilaksanakan oleh seksi Perbendaharaan sedangkan fungsi Kantor Kas Negara dilaksanakan oleh seksi Bendaharawan Umum.
Sesuai dengan KMK No.303/KMK.01/2004 tanggal 23 Juni 2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan, dan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara, KPKN berganti nama menjadi KPPN. Sehingga berganti pula nama KPKN Poso menjadi KPPN Poso. Pergantian ini tidak hanya menyangkut nama organisasi saja, tetapi susunan organisasi serta tugas dan fungsinya juga ikut berubah. Serta pada tahun 2012 KPPN Poso telah menjadi KPPN Percontohan.
