KPPN merupakan unit eselon III dalam lingkup Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Kalimantan Timur.

KPPN Samarinda terbentuk pada Tahun 1976 dengan sebutan Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) Samarinda pada Januari 1976 yang berlokasi di Jalan Gajah Mada Samarinda. Seiring berjalannya waktu, sesuai dengan perubahan atau peleburan di Kementerian Keuangan RI, KPN bersama dengan Kantor Kas Negara (KKN) melebur menjadi satu bernaung di bawah Direktorat Jenderal Anggaran menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara pada tahun 1980-an dan berlokasi di Jalan M Yamin No. 02 Samarinda. Pada tahun 2005 Kementerian Keuangan melakukan reformasi birokrasi dengan melakukan peleburan antara KPKN yang bernaung dibawah Ditjen Anggaran dengan Kantor Akuntansi Regional yang bernaung dibawah BAKUN, dan menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) yang bernaung di bawah Direktorat Jenderal Perbendaharaan. KPPN Samarinda mengemban tugas melaksanakan pengelolaan perbendaharaan seiring dengan visi dan misi Ditjen Perbendaharaan. Ditahun 2008 sesuai dengan Keputusan Direktorat Jenderal Perbendaharaan Nomor : KEP-018/PB/2008 tanggal 25 Januari 2008 KPPN Samarinda ditetapkan sebagai KPPN Percontohan dan di Launching pada tanggal 04 Pebruari 2008 oleh Bapak Soritaon Siregar, Direktur Pengelolaan Penerusan Pinjaman, Ditjen Perbendaharaan.

Di Tahun 2015, tepatnya bulan Februari 2015 KPPN Samarinda mengimplementasikan SPAN sesuai dengan arah kebijakan birokrasi kantor pusat. KPPN Samarinda termasuk dalam kelompok medium dengan jumlah titik jaringan SPAN sebanyak 12 titik. Dari 12 titik tersebut digunakan sebanyak 11 user dan satu titik digunakan untuk jaringan printer. Tujuh user digunakan pada Seksi Pencairan Dana, satu user digunakan pada Seksi Bank, dua user digunakan pada Seksi Verifikasi dan Akuntansi dan satu user digunakan Kepala Kantor.