Dalam upaya meningkatkan pelayanan kepada masyarakat (stakeholders) maka Menteri Keuangan berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor 442/KMK.01/2001 tanggal 23 Juli 2001 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Anggaran, Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara, dan Kantor Vertikal Pelaksanaan Anggaran membentuk Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Sekayu dan secara resmi beroperasi sejak tanggal 1 Oktober 2002, dengan menempati gedung Kantor sementara Mess Korpri Pemkab Musi Banyuasin Jl.Kol.Wahid Udin Sekayu Kabupaten Musi Banyuasin.

Berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor 303/KMK.01/2004 tanggal 23 Juni 2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kanwil Ditjen Perbendaharaan dan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara, maka terhitung mulai tanggal 1 Oktober 2004, KPKN Sekayu berubah menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Sekayu.

Gedung Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Sekayu diresmikan oleh Direktur Jenderal Perbendaharaan, DR. Mulia P. Nasution, Dess pada tanggal 25 Juli 2005 dan tetap digunakan sampai saat ini terletak di Jalan Kol. Wahid Udin Sekayu.