KPPN Takengon merupakan unit Eselon III dalam lingkup Kanwil Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Aceh. Berawal dari semangat untuk memberikan kemudahan pelaksanaan pencairan APBN di daerah maka pada bulan April Tahun 1990 KPPN Takengon mulai resmi dioperasikan, dengan nama Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Takengon yang berada di lingkup Kantor Wilayah I Ditjen Anggaran Banda Aceh. Pada waktu mulai beroperasi KPKN Takengon melayani pembayaran APBN untuk Satuan Kerja di wilayah Kabupaten Aceh Tengah yang sebelumnya dibayarkan oleh KPKN Lhokseumawe. Jarak tempuh dari Aceh Tengah ke Lhokseumawe yang mencapai lebih dari 5 (lima) jam menjadi pertimbangan pembentukan KPKN Takengon.
Sebelum beroperasi secara penuh di Takengon, selama tiga bulan pertama dibentuklah KPKN Takengon Bayangan yang berlokasi di KPKN Lhokseumawe hingga akhirnya pada bulan April 1990 dioperasikan KPKN Takengon di Jalan Rumah Sakit Umum Nomor 96 Takengon Aceh Tengah yang pada awalnya diperkuat oleh dua puluh lima pegawai. Sampai dengan tahun 2003 KPKN Takengon melayani pembayaran APBN untuk satu kabupaten saja, yaitu Kabupaten Aceh Tengah, namun mulai tahun 2004 terjadi pemekaran daerah, Kabupaten Aceh Tengah dibagi menjadi dua kabupaten, yaitu Kabupaten Aceh Tengah dan Kabupaten Bener Meriah. Hal ini berakibat pada perubahan daerah layanan KPPN Takengon bertambah menjadi dua kabupaten, yaitu Kabupaten Aceh Tengah dan Kabupaten Bener Meriah.
Dengan adanya reformasi birokrasi dan reorganisasi di Kementerian Keuangan pada tahun 2004, berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Nomor 303/KMK.01/2004 tanggal 23 Juni 2004, Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara, yang merupakan instansi vertikal dibawah Direktorat Jenderal Perbendaharaan.
Selanjutnya berdasarkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 101/PMK.01/2008, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Takengon, berubah menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Tipe A2 Takengon, yang bertanggung jawab langsung kepada Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Aceh.
Pada tanggal 2 Juli 2013 di Kabupaten Aceh Tengah terjadi gempa 15 bumi dengan Kekuatan 6,2 Skala Richter yang menyebabkan gedung KPPN Takengon rusak berat, sehingga pada saat itu untuk melayani seluruh stakeholder KPPN Takengon menyewa tempat kepada pemerintah daerah setempat yakni di Gedung Pendari yang beralamat di Jalan Yos Sudarso Takengon. Setelah pembangunan gedung selesai pada tahun 2015, seluruh aktivitas dialihkan kembali di gedung KPPN Takengon yang berlokasi di Jalan Rumah Sakit Umum No. 96 Takengon, Kabupaten Aceh Tengah. Sesuai dengan surat Satuan Polisi Pamong Praja dan Wilayatul Hisbah Pemerintah Kabupaten Aceh Tengah Nomor 094/286/Satpol PP dan WH tanggal 27 September 2017 bahwa sesuai Qanun Kabupaten Aceh Tengah Nomor 9 Tahun 2013 tentang Jalan dan Sarana Umum, Alamat KPPN Takengon saat ini berubah namanya menjadi Jalan Qurata Aini No. 96 Takengon.
Perubahan proses bisnis sebagai wujud atas pelaksanaan reformasi birokrasi pada Direktorat Jenderal Perbendaharaan yaitu dengan dilaksanakannya Pelaksanaan dan Pertanggungjawaban Anggaran yang terintegrasi dengan penggunaan Single Database, yaitu dilaksanakannya Sistem Perbendaharaan dan Anggaran Negara (SPAN). Penerapan SPAN di KPPN Takengon, dimulai tanggal 1 Februari 2015 melalui piloting SPAN Tahap IIC.
