Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Tuban berdiri sejak tanggal 1 September 2002 dengan nama Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Tuban berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Anggaran nomor KEP-68/A/2002 tanggal 23 Mei 2002. Pada awal beroperasi, KPPN Tuban menempati Kantor Dinas Pekerjaan Umum, Cipta Karya Pemda Tuban dengan alamat Jalan Pramuka no. 44 Tuban.

Tepat tanggal 17 Februari 2005, ditandai dengan ditandatanganinya prasasti peresmian oleh Direktur Jenderal Anggaran ( Bapak Mulia P. Nasution), KPPN Tuban menempati gedung kantornya sendiri dengan alamat di Jalan HOS Cokroaminoto No. 22, Tuban. Peresmian kantor baru tersebut juga dihadiri oleh Bupati Kabupaten Tuban saat itu, Ibu Haeny Relawaty R.W. yang berkenan menggunting pita peresmian kantor.Dengan adanya reorganisasi Kementerian Keuangan, berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan Republik Indonesia nomor 303/KMK.01/2004 tanggal 23 Juni 2004, nomenklatur kantor berubah dari yang semula Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Tuban menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Tuban.