Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Waingapu berdiri pada tanggal 1 April 1974, dengan nama Kantor Bendahara Negara (KBN) Waingapu,dengan adanya perubahan struktur organisasi maka KBN Waingapu dipecah menjadi KPN dan KKN Waingapu, dan tahun 1990 berubah namanya menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Waingapu. Sejalan dengan perkembangan dan diterbitkannya UU Keuangan Negara Nomor 17 Tahun 2003 dan UU Perbendaharaan Negara No 1 Tahun 2004 maka terjadi perubahan pada Kementerian Keuangan khususnya Direktorat Jenderal Perbendaharaan, sehingga pada tahun 2005 KPKN Waingapu diubah menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Waingapu.