Subdirektorat Transformasi Kelembagaan mempunyai tugas melaksanakan penyiapan koordinasi, pengkajian, pengelolaan kinerja, monitoring dan evaluasi, manajemen perubahan dan komunikasi inisiatif strategis transformasi kelembagaan Direktorat Jenderal Perbendaharaan di bidang sistem pembayaran dan penerimaan (disbursement and receipt), pengelolaan likuiditas (liquidity management), akuntansi dan pelaporan (accounting and reporting) dan misi khusus (special mission).

Dalam melaksanakan tugasnya, Subdirektorat Transformasi Kelembagaan menyelenggarakan fungsi:

1. pelaksanaan koordinasi inisiatif strategis transformasi kelembagaan dengan initiative owner, Central Transformation Office dan pemangku kepentingan terkait;
2. pelaksanaan dukungan pengkajian, perumusan kebijakan dan strategi terkait inisiatif strategis transformasi kelembagaan;
3. perumusan, monitoring dan evaluasi pencapaian kinerja inisiatif strategis transformasi kelembagaan;
4. pelaksanaan manajemen perubahan dan komunikasi terkait dampak inisiatif strategis transformasi kelembagaan;
5. pelaksanaan pengkajian dan sinkronisasi kebijakan transformasi organisasi dan sumber daya manusia terkait dampak inisiatif strategis transformasi kelembagaan.

Subdirektorat Transformasi Kelembagaan terdiri atas:

1. Seksi Transformasi Sistem Pembayaran dan Penerimaan;
2. Seksi Transformasi Pengelolaan Likuiditas;
3. Seksi Transformasi Akuntansi, Pelaporan dan Misi Khusus;
4. Seksi Manajemen Perubahan dan Komunikasi.

Seksi Transformasi Sistem Pembayaran dan Penerimaan mempunyai tugas melaksanakan koordinasi secara reguler dan secara khusus dengan initiative owner dan pemangku kepentingan (stakeholder) internal dan eksternal, melaksanakan dukungan pengkajian serta monitoring dan evaluasi pencapaian program, kegiatan, tahapan/milestone transformasi kelembagaan di bidang pembayaran dan penerimaan (disbursement and receipt).

Seksi Transformasi Pengelolaan Likuditas mempunyai tugas melaksanakan koordinasi secara reguler dan secara khusus dengan initiative owner dan pemangku kepentingan (stakeholder) internal dan eksternal, melaksanakan dukungan pengkajian serta monitoring dan evaluasi pencapaian program, kegiatan, tahapan/milestone transformasi kelembagaan di bidang pengelolaan likuiditas.

Seksi Transformasi Akuntansi, Pelaporan dan Misi Khusus mempunyai tugas melaksanakan koordinasi secara reguler dan secara khusus dengan initiative owner dan pemangku kepentingan (stakeholder) internal dan eksternal, melaksanakan dukungan pengkajian serta monitoring dan evaluasi pencapaian program, kegiatan, tahapan/milestone transformasi kelembagaan di bidang akuntansi dan pelaporan serta misi khusus.

Seksi Manajemen Perubahan dan Komunikasi mempunyai tugas merumuskan Indikator Kinerja Utama inisiatif strategis transformasi kelembagaan, melaksanakan koordinasi secara reguler dan secara khusus dengan initiative owner dan pemangku kepentingan (stakeholder) internal dan eksternal, melakukan monitoring dan evaluasi pencapaian kinerja transformasi kelembagaan, dukungan pengkajian dan sinkronisasi kebijakan transformasi organisasi dan sumber daya manusia, menyusun laporan pelaksanaan dan pencapaian kinerja transformasi kelembagaan kepada Central Transformation Office.