Struktur Organisasi KPPN Balige ialah:

Kepala KPPN Balige : Mahindun Dhiani Melda Harahap

Kepala Subbag Umum : Ida Tiurma Siregar

Kepala Seksi Pencairan Dana dan Manajemen Satker : Onny Pakpahan

Kepala Seksi Bank : Hannida Fatmi Nasution

Kepala Seksi Verifikasi, Akuntansi dan Kepatuhan Internal : Andika Bangun Patria

Pembina Teknis Perbendaharaan Negara : Tulus Halomoan Marbun

Dan didukung oleh 10 orang pelaksana