Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Balige didirikan pada tahun 1976 yang dulunya masih bernama Kantor Kas Negara Balige. Pada Tahun 1990 berganti nama menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Balige. Sesuai Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor 303/KMK.01/2004 tanggal 23 Juni 2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Direktur Jenderal Perbendaharaan dan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Jo Peraturan Menteri Keuangan Nomor 134/PMK.01/2006 tanggal  22 Desember 2006 Jo Peraturan Menteri Keuangan Nomor 101/PMK.01/2008 tanggal 11 Juli 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Balige yang berganti nama menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Balige.

KPPN Balige merupakan instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan (DJPB) yang berada dibawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Sumatera Utara di Medan dan sejak tanggal 1 Nopember 2009 telah menerapkan SOP KPPN Percontohan. Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Perbendaharaan Nomor KEP-163/PB/2012 tanggal 16 Juli 2012, terhitung mulai tanggal 01 Oktober 2012 KPPN Balige ditetapkan sebagai KPPN Percontohan. KPPN Balige juga mengemban sebagian tugas Kuasa Bendahara Umum Negara (KBUN) di daerah yang merupakan ujung tombak pelayanan publik yang mempunyai peranan sangat penting dalam memberikan pelayanan berupa pencairan dana APBN, penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara, penyusunan laporan keuangan kantor/satuan kerja instansi pemerintah serta memberikan bimbingan teknis terkait pelaksanaan dan pertanggungjawaban APBN. Adapun nama-nama Kepala KPPN Balige definitif yang pernah menjabat dari mulai berdirinya KPPN Balige sampai dengan sekarang disajikan pada tabel di bawah ini:

Dengan adanya reformasi birokrasi di Kementerian Keuangan, KPPN Balige sebagai instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan di daerah harus mampu memberikan pelayanan yang prima kepada masyarakat/mitra kerja/stakeholders/satuan kerja terutama dalam percepatan penyaluran dana APBN, penatausahaan seluruh transaksi penerimaan dan pengeluaran negara serta penyusunan Laporan Keuangan Pemerintah Pusat sebagai pertanggungjawaban pelaksanaan APBN.