Sehubungan dengan masuknya Corona Virus Disease 2019 (COVID-19) di Indonesia, maka pada tanggal 2 Maret 2020, pemerintah khususnya Kementerian Keuangan mulai mengeluarkan Surat Edaran SE-2/MK.1/2020 hal Upaya Pencegahan Penyebaran Corona Virus Disease 2019 (COVID-19) di Lingkungan Kementerian Keuangan, disusul dengan SE-4/MK.1/2020 Imbauan Tindak Lanjut Pencegahan Penyebaran Corona Virus Disease (COVID-19) di Lingkungan Kementerian Keuangan dan SE-5/MK.1/2020 hal Merupakan panduang tindak lanjut terkait dengan pencegahan penyebaran Covid-19 di lingkungan Kementerian Keuangan.
Pada tanggal 16 Maret 2020, Direktorat Jenderal Perbendaharaan mengeluarkan Surat Edaran nomor SE-25/PB/2020 hal Tindak Lanjut Implementasi Surat Edaran Menteri Keuangan Nomor SE-5/MK.1/2020 di Lingkungan Direktorat Jenderal Perbendaharaan. Esok harinya, KPPN Atambua mulai melakukan internalisasi pencegahan dengan mewajibkan para pegawai Front Office, sekertaris, dan satpam untuk memakai masker dan sarung tangan latex, menaruh hand sanitizer di seluruh meja Front Office serta meneteskan hand sanitizer kepada satuan kerja yang masuk gedung kantor.
Jumat, 20 Maret 2020 Kepala KPPN Atambua mengadakan Gugus Kendali Mutu (GKM) untuk membahas lebih dalam terkait SE-25/PB/2020 serta hasil Video Conference SE-25/PB/2020. GKM tersebut membawakan informasi mengenai Penyebaran COVID-19, aturan mengenai Pelaksanaan Kerja dari Rumah (KDR)/Work from Home (WFH), serta panduan absen masuk/keluar (Clock-in/clock-out) dan pengisian tugas di aplikasi eDJPB.
KPPN Atambua juga mulai menerapkan WFH secara bergilir selama 3 minggu, dimulai dari hari Jumat, 20 Maret 2020 dua pegawai, dan empat sampai lima pegawai di hari seterusnya. Melalui Surat Kepala KPPN Atambua nomor S-155/WPB.24/KP.04/2020 tanggal 19 Maret 2020 dan melalui grup WhatsApp, satuan kerja dihimbau untuk melakukan pengiriman SPM dan/atau jenis layanan lainnya agar dilakukan secara online. Untuk satuan kerja yang terlanjut datang agar menyerahkan SPM atau berkas lain di meja yang telah disediakan di depan pintu KPPN, dan akan diterima oleh satpam yang berjaga.
Sanksi dapat diberikan kepada pegawai yang melakukan pelanggaran seperti pulang ke kampung asal saat diberi tugas WFH berupa pelanggaran kode etik. Langkah ini dilakukan demi menekan pertumbuhan angka pasien COVID-19 dan mencegah masuknya COVID-19 ke daerah-daerah yang angkanya masih rendah/tidak ada.
