Struktur Organisasi KPPN Balige ialah:

Kepala KPPN Balige : Oktana Yudha Sakti

Kepala Subbag Umum : Ida Tiurma Siregar

Kepala Seksi Pencairan Dana dan Manajemen Satker : Amirudin

Kepala Seksi Bank : Hannida Fatmi Nasution

Kepala Seksi Verifikasi, Akuntansi dan Kepatuhan Internal : Jaruli Simannulang

Pembina Teknis Perbendaharaan Negara : Novasary Sidauruk dan Dinda Yunita Sinaga
Pranata Keuangan APBN : Saut E Siahaan

Dan didukung oleh 5 orang pelaksana