KPPN Baturaja adalah KPPN tipe A1 dan merupakan salah satu Instansi Vertikal di bawah naungan Direktorat Jenderal Perbendaharaan Kementerian Keuangan. Sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan nomor 262/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, KPPN memiliki tugas "melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan Bendahara Umum Negara (BUN), penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan". Sementara dalam melaksanakan tugas tersebut KPPN Baturaja menyelenggarakan fungsi sebagai berikut:

1. pengujian terhadap surat perintah pembayaran berdasarkan peraturan perundang-undangan;

2. penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D) dari kas negara atas nama Menteri Keuangan selaku Bendahara Umum Negara (BUN);

3. penyaluran pembiayaan atas beban Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN);

4. penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara melalui dan dari Kas Negara;

5. penyusunan laporan pelaksanaan anggaran pendapatan dan belanja negara;

6. pelaksanaan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi serta pertanggungjawaban bendahara;

7. pembinaan dan pelaksanaan monitoring dan evaluasi Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP);

8. pelaksanaan tugas kepatuhan internal;

9. pelaksanaan manajemen mutu layanan;

10. pelaksanaan manajemen hubungan pengguna layanan (customer relationship management);

11. pelaksanaan tugas dan penyusunan laporan Pembina Pengelola Perbendaharaan (treasury management representative);

12. pelaksanaan dukungan penyelenggaraan sertifikasi bendahara;

13. pengelolaan rencana penarikan dana;

14. pengelolaan rekening pemerintah;

15. pelaksanaan fasilitasi Kerjasama Ekonomi dan Keuangan Daerah;

16. pelaksanaan layanan bantuan (helpdesk) penerimaan negara;

17. pelaksanaan sistem akuntabilitas dan kinerja;

18. pelaksanaan monitoring dan evaluasi Kredit Program;

19. pelaksanaan Kehumasan dan layanan Keterbukaan Informasi Publik (KIP) ; dan

20. pelaksanaan administrasi Kan tor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN).