Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Bau-Bau merupakan instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Sulawesi Tenggara. Instansi ini resmi beroperasi sejak 5 April 1984 di Jalan Anoa No. 1, Kota Bau-Bau. Pada awal pembentukannya, unit ini terdiri dari dua entitas terpisah, yakni Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) yang dipimpin oleh Drs. Muhammad Sanitayep dan Kantor Kas Negara (KKN) yang dipimpin oleh Adnan Arsyad.

Seiring dinamika organisasi, pada 1 April 1990, KPN dan KKN Bau-Bau dilebur menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Bau-Bau. Transformasi kembali berlanjut pada tahun 2004 sejalan dengan semangat reformasi birokrasi. Guna meningkatkan kualitas pelayanan publik, KPKN Bau-Bau resmi berganti nama menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Bau-Bau. Sejak 8 Januari 2013 KPPN Bau-Bau pindah lokasi di Jalan Raya Palagimata Bau-Bau.

Dalam menjaga komitmen efisiensi, KPPN Bau-Bau telah menerapkan sistem kerja berbasis SOP KPPN Percontohan. Standarisasi ini bertujuan untuk memastikan proses pencairan dana APBN berjalan cepat, tepat, dan tanpa biaya (no cost). Langkah tersebut merupakan wujud nyata transformasi Kementerian Keuangan dalam memberikan pelayanan yang transparan serta akuntabel bagi masyarakat dan mitra kerja.