KPPN Kudus dipimpin oleh Kepala Kantor Bapak Eko Wahyu budi Utomo dengan 5 Kepala Seksi, 1 Pejabat Fungsional dan 11 Pelaksana dengan komposisi setiap seksi adalah sebagai berikut :

1. Sub Bagian Umum
   Dipimpin oleh Rahmat Kurniawan dengan membawahi 3 orang pelaksana.  
2. Seksi Pencairan Dana
   Dipimpin oleh Teddy Indra Kurniawan, membawahi 3 orang pelaksana.
3. Seksi Manajemen Satker dan Kepatuhan Internal
   Dipimpin oleh Bambang Hariyadi, dan membawahi 2 orang pelaksana.
4. Seksi Bank
   Dipimpin oleh Sunarto, sebagai Kepala Seksi dengan jumlah pelaksana 2 orang pelaksana.
5. Seksi Verifikasi dan Akuntansi
   Dipimpin oleh Asep Saprudin, membawahi 1 orang pelaksana.

Sedangkan Kelompok Jabatan Fungsional dijabat oleh Moh. Abdul Malik Arifin.

Berikut adalah Komposisi SDM pada KPPN Kudus T.A. 2025