KPPN Kudus dipimpin oleh Kepala Kantor Bapak M. Agus Lukman Hakim dengan 5 Kepala Seksi, 2 Pejabat Fungsional dan 16 Pelaksana dengan komposisi setiap seksi adalah sebagai berikut :
- Sub Bagian Umum
Dipimpin oleh Rahmat Kurniawan dengan membawahi 3 orang pelaksana. - Seksi Pencairan Dana
Dipimpin oleh Hari Purwanto, membawahi 3 orang pelaksana. - Seksi Manajemen Satker dan Kepatuhan Internal
Dipimpin oleh Teguh Imam Santoso, dan membawahi 1 orang pelaksana. - Seksi Bank dan Giro Pos
Dipimpin oleh Sunarto, sebagai Kepala Seksi dengan jumlah pelaksana 2 orang pelaksana. - Seksi Verifikasi dan Akuntansi
Dipimpin oleh Asep Saprudin, membawahi 1 orang pelaksana.
Sedangkan Kelompok Jabatan Fungsional dijabat oleh Pandu Hizbul Wathan dan Yuda Gustama.
Berikut adalah Komposisi SDM pada KPPN Kudus T.A. 2023