Risiko merupan kemungkinan terjadinya suatu peristiwa yang berdampak terhadap pencapaian sasaran. Adapun Manajemen Risiko merupakan proses sistematis dan terstruktur yang didukung budaya sadar Risiko untuk mengelola Risiko pada tingkat yang dapat diterima guna memberikan keyakinan yang memadai terhadap pencapaian sasaran.
KPPN ditetapkan sebagai Unit Pemilik Risiko (UPR) bertanggung jawab melaksanakan manajemen risiko, menyusun serta menyampaikan laporan profil risiko, dan menyampaikan laporan pemantauan secara rutin sebagai bentuk implementasi Manajemen Risiko di lingkungan Direktorat Jenderal Perbendaharaan (DJPb).
Sejalan dengan hal tersebut, dalam rangka Penyusunan Profil Risiko KPPN Kupang Tahun 2024, telah dilaksanakan rapat pembahasan profil risiko tahun 2024 pada minggu ketiga bulan Januari 2023. Rapat ini diikuti oleh perwakilan dari masing-masing seksi.