Sebagai ujung tombak pelayanan publik yang dimiliki oleh Direktorat Jenderal Perbendaharaan, Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) memiliki peran yang sangat strategis. Seiring dengan bergulirnya reformasi birokrasi di Kementerian Keuangan, untuk mencapai tata kelola pemerintahan yang baik (good governance), Direktorat Jenderal Perbendaharaan sebagai eselon I Kementerian Keuangan membentuk suatu kantor pelayanan publik yang dapat memberikan layanan yang cepat, akurat, dan tanpa biaya.
Dalam rangka mewujudkan kantor pelayanan publik tersebut, maka pada tangal 30 Juli 2007 telah dilaksanakan soft launching Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Kupang sebagai KPPN Percontohan, satu dari 18 KPPN Percontohan Tahap Pertama. KPPN Kupang sejak saat tu bermetamorfosis dan siap memberikan layanan prima kepada stakeholders dan mitra kerja.
Terhitung mulai tangal 1 Juni 2011, KPPN Kupang membuka layanan filial di Kabupaten Kalabahi di Alor. Kantor Layanan Filial KPPN Kupang bertempat di bekas gedung Kantor Pengawasan dan Pelayanan Bea Cukai Atapupu di Kalabahi. Layanan filial ini bertujuan untuk mendekatkan pelayanan KPPN Kupang dengan para mitra kerjanya. Layanan filial KPPN Kupang di Kalabahi dilaksanakan mulai tanggal 1 sampai dengan 15 setap bulannya.
Tepat pada tanggal 23 Juni 2014, KPPN Kupang ikut melaksanakan piloting Sistem Perbendaharaan dan Anggaran Negara (SPAN) tahap IIb bersama dengan 26 KPPN lainnya di wilayah Sumatera Utara, Sulawesi Selatan, dan Nusa Tenggara Timur.