Sesuai Peraturan Menteri Keuangan Nomor 262/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan, dalam pelaksanaan tugas pokok dan fungsi KPPN Medan II didukung oleh struktur organisasi yang terdiri dari: kepala kantor, 1 (satu) subbag umum, 4 seksi yaitu Seksi Pencairan Dana, Seksi Bank, Seksi Verifikasi dan Akuntansi, serta Seksi Manajemen Satker dan Kepatuhan Internal (MSKI).