Diawali dengan semangat pelayanan yang tinggi untuk mengatasi kondisi yang sulit dalam rangka pengurusan gaji, maka muncullah saran untuk membangun sebuah kantor kas baru selain yang sudah ada di Biak. Pada tahun 1980, Bapak Bupati Sostenes Wanma dan Muspida mulai membangun Kantor Perbendaharaan Negara dan Kantor Kas Negara di Nabire. Pembangunan kantor tersebut  tidak terlepas dari peran Departemen Keuangan saat itu, khususnya Kanwil XII Ditjen Anggaran Jayapura.

Tepat tanggal 1 September 1981, gedung baru Kantor Perbendaharaan Negara dan Kantor Kas Negara yang berlokasi di Jalan Merdeka No. 46 Nabire secara resmi dibuka oleh Bapak P. Rajagukguk, SH selaku Kepala Kantor Wilayah XII Ditjen Anggaran Jayapura. Harapan yang tertumpu pada kantor baru ini adalah mengatasi kendala dalam pembayaran gaji yang selama ini terjadi dapat diatasi sesegera mungkin.

Untuk mendukung kinerja kantor baru tersebut, diadakanlah ujian seleksi CPNS lokal sebagai pelaksana. Adapun jumlah yang dibutuhkan saat itu adalah 5 pejabat (diambil dari Departemen Keuangan) dan 21 orang pelaksana. Setelah ujian seleksi selesei dilaksanakan, bezzetting yang pertama kali adalah sebagai berikut:

Kantor Perbendaharaan Negara:

1. Drs. Mardan Ginting (selaku Kepala KPN)
2. Drs. Sabarmadin Pandjaitan (selaku Kepala Seksi Umum)
3. Trijono (selaku Kepala Seksi Pembiayaan)
4. Gerardus Coa
5. Semuel Bora Ngongo
6. Demianus Manuaron
7. Herman Marei
8. Hulman Lumbantobin
9. Yakobus Landa Samara
10. Suhartini
11. Yafet Manobi
12. Nataniel Maniamboi
13. Suhadi
14. Eddy Lodji
15. Rasabarman Saragih , dan
16. Petrus Bunai

Kantor Kas Negara:

1. Drs. Surbaini Arsyad (selaku Kepala Kantor)
2. Drs. Alamsyah Ben (selaku Kepala Seksi Bank/Giro Pos)
3. Nyonyo Koirewoa
4. Julius Faidiban
5. Anna Umi Harianik
6. Henny Setyaningsih
7. Slamet Darminto
8. Ancelina Sawo
9. Wanggai Benyamin
10. Alfius Rumkorem

Gambar I Gedung KPPN Nabire pada tahun 2012 (tampak depan)

Pada Tahun 1990 terjadi perubahan dalam struktur organisasi Direktorat Jenderal Anggaran yaitu dengan digabungnya Kantor Perbendaharaan Negara dan Kantor Kas Negara menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN). Seiring perjalanan waktu, terjadi reorganisasi lagi dengan keluarnya Keputusan Menteri Keuangan Nomor:302/KMK/2004 menetapkanPembentukan Direktorat Jenderal Perbendaharaan, disusul dengan penggantian nama Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) pada tahun 2007 sampai sekarang, dan sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor:169/PMK.01/2012 tentang Organisasi dan tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan KPPN Nabire masuk dalam Kategori KPPN A2.  

Dengan terbitnya Undang-Undang Nomor 17 tahun 2003 dan Undang-Undang Nomor 1 tahun 2004 yang merupakan tonggak Reformasi birokrasi di Departemen Keuangan, dan Keputusan Menteri Keuangan Nomor.30/KMK/2007 mencanangkan dilaksanakannya  reformasi birokrasi di Departemen Keuangan yang meliputi berbagai program prioritas di bidang:

1. Penataan Organisasi
2. Penyempurnaan proses bisnis
3. Peningkatan kualitas Sumber daya manusia

Maka oleh Direktorat Jenderal Perbendaharaan sebagai instansi vertikal dibawah Departemen Keuangan wajib mendukung program yang ditetapkan Menteri Keuangan. Bentuk reformasi yang dilaksanakan  oleh Direktorat Jenderal Perbendaharaan adalah memberikan pelayanan kepada satuan kerja secara cepat, akurat transparan, dan tanpa biaya melalui pembentukan KPPN Percontohan. Setelah di-launching-nya 18 KPPN menjadi KPPN Percontohan tahun 2008, maka KPPN non percontohan juga mulai berbenah diri dan mengikuti aturan sesuai dengan SOP pada KPPN Percontohan. Tidak ketinggalan KPPN Nabire sejak Bulan Juli  2008 telah menerapkan SOP KPPN Percontohan melalui pelaksanaan tugas dan fungsinya  dengan gencar melakukan  sosialisasi, pemberitaan di radio, dan melalui spanduk.

Adapun periodisasi pimpinan yang pernah dan/atau masih menjabat pada kantor ini adalah sebagai berikut:

Tabel I Pimpinan yang pernah menjabat pada KPN dan KKN Nabire

Tabel II Pimpinan yang pernah menjabat pada KPKN Nabire

Tabel III Pimpinan yang pernah dan/atau masih menjabat pada KPPN Nabire