KPPN Nabire terletak di tengah kota Nabire, Distrik Nabire, Papua. Wilayah kerja KPPN Nabire meliputi 5 kabupaten yaitu Kabupaten Nabire, Kabupaten Paniai, Kabupaten Dogiyai, Kabupaten Deiyai dan Kabupaten Intan Jaya. KPPN Nabire melayani 15 Kementerian dengan jumlah Satuan Kerja Mitra Kerja KPPN Nabire per 1 April 2020 adalah 63 Satker.

KPPN Nabire, sebagai KPPN Tipe A2, berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor 262/KMK.01/2016 tanggal 30 Desember 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan mempunyai tugas melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan bendahara umum, penyaluran pembiayaan atas beban anggaran, serta penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui dan dari kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Dalam melaksanakan tugas dimaksud, KPPN Nabire menyelenggarakan fungsi-fungsi sebagai berikut:

1. pengujian terhadap dokumen surat perintah pembayaran berdasarkan peraturan perundang-undangan;
2. penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D) dari kas negara atas nama Menteri Keuangan selaku Bendahara Umum Nagara (BUN);
3. penyaluran pembiayaan atas beban Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN);
4. penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara melalui dan dari Kas Negara;
5. penyusunan laporan pelaksanaan anggaran pendapatan dan belanja negara;
6. pelaksanaan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi serta pertanggungjawaban bendahara;
7. pembinaan dan pelaksanaan monitoring dan evaluasi Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP);
8. pelaksanaan tugas kepatuhan internal;
9. pelaksanaan manajemen mutu layanan;
10. pelaksanaan manajemen hubungan pengguna layanan (customer relationship management)
11. pelaksanaan tugas dan penyusunan Laporan Pembina Pengelola Perbendaharaan (Treasury Management Representative);
12. pelaksanaan dukungan penyelenggaraan sertifikasi bendahara;
13. pengelolaan rencana penarikan dana;
14. pengelolaan rekening pemerintah;
15. pelaksanaan fasilitasi Kerja Sama Ekonomi dan Keuangan Daerah;
16. pelaksanaan layanan bantuan (helpdesk) penerimaan negara;
17. pelaksanaan system akuntabilitas dan kinerja;
18. pelaksanaan monitoring dan evaluasi kredit program;
19. pelaksanaan kehumasan dan layanan Keterbukaan Informasi Publik (KIP); dan
20. pelaksanaan administrasi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN).

Tugas dan fungsi tersebut, dalam operasionalnya dilakukan oleh ke-empat Kepala Seksi dengan pembagian tugas sebagai berikut.

1. Subbagian Umum mempunyai tugas melakukan pengelolaan organisasi, kinerja, sumber daya manusia, dan keuangan, penatausahaan user Sistem Perbendaharaan dan Anggaran Negara (SPAN) dan Sistem Aplikasi Keuangan Tingkat Instansi (SAKTI), melakukan penyusunan bahan masukan dan konsep
   Rencana Strategis (Renstra), Rencana Kerja (RK), Rencana Kerja Tahunan (RKT), Penetapan Kinerja (PK), Laporan Kinerja (LAKIN) Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara, melakukan urusan tata usaha, pengelolaan rumah tangga, melakukan penyusunan dan pelaporan beban kerja, implementasi budaya organisasi, melakukan urusan kehumasan, dan Layanan Keterbukaan Informasi Publik (KIP).
2. Seksi Pencairan Dana dan Manajemen Satker mempunyai tugas melakukan pengujian resume tagihan dan Surat Perintah Membayar, pengujian Surat Perintah Pengesahan Pendapatan dan Belanja Badan Layanan Umum, penerbitan Surat Tanggapan Koreksi, dan pengelolaan data kontrak, data pemasok (supplier), dan belanja pegawai satuan kerja, melakukan pengesahan hibah langsung dalam bentuk uang, monitoring dan evaluasi penyerapan anggaran satuan kerja, pembinaan dan bimbingan teknis pengelolaan perbendaharaan, supervisi teknis Sistem Perbendaharaan dan Anggaran Negara (SPAN) dan Sistem Aplikasi Keuangan Tingkat Instansi (SAKTI), asistensi teknologi informasi dan komunikasi eksternal, penyelenggaraan fungsi manajemen hubungan pengguna layanan (customer relationship management), pelaksanaan tugas Pembina Pengelola Perbendaharaan, Pengelolaan Layanan Perbendaharaan (treasury management representative) dan rencana penarikan dana, melakukan koordinasi penyelenggaraan manejemen mutu layanan, fasilitasi sertifikasi bendahara, fasilitasi kerja sama dengan pemerintah daerah dan pihak lainnya, serta melakukan monitoring penerimaan dana transfer.
3. Seksi Bank mempunyai tugas melakukan penyelesaian transaksi pencairan dan penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana, fungsi pengelolaan kas (cash management), penerbitan daftar tagihan, pengelolaan rekening pemerintah, penatausahaan penerimaan negara, penyelesaian retur, pengujian permintaan pengembalian penerimaan negara, konfirmasi dan koreksi data transaksi penerimaan, fungsi layanan bantuan (helpdesk) penerimaan negara, monitoring dan evaluasi bank/ pos persepsi, pengelolaan dokumen sumber dan analisis data Penerimaan Fihak Ketiga, pembinaan dan pelaksanaan monitoring dan evaluasi Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP), supervisi implementasi Sistem Pengelolaan Kas (Cash Management System) pada rekening bendahara, monitoring dan evaluasi kredit program.
4. Seksi Verifikasi, Akuntansi, dan Kepatuhan Internal mempunyai tugas melakukan verifikasi dokumen pembayaran, rekonsiliasi data laporan keuangan, penyusunan Laporan Keuangan Kuasa Bendahara Umum Negara tingkat Unit Akuntansi Kuasa Bendahara Umum Negara-Daerah, pelaporan realisasi & analisis kinerja anggaran, pembinaan pertanggungjawaban bendahara, rekonsiliasi data rekening pemerintah, penyusunan laporan saldo rekening pemerintah, pencatatan pengesahan hibah langsung dalam bentuk barang,penerbitan dokumen pengembalian penerimaan, pemantauan pengendalian intern, pengelolaan risiko, pengaduan, kepatuhan terhadap kode etik dan disiplin, dan tindak lanjut hasil pemeriksaan, melakukan perumusan rekomendasi perbaikan proses bisnis, koordinasi pemberian keterangan saksi/ ahli keuangan negara, serta pelaksanaan program Wilayah Bebas dari Korupsi/Wilayah Birokrasi Bersih dan Melayani (WBK/WBBM).