Sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 169/PMK.01/2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan pada Pasal 25, KPPN adalah instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Kantor Wilayah.
Sebagaimana tercantum pada Peraturan Menteri Keuangan Nomor 169/PMK.01/2012 Pasal 31, sebagai KPPN Tipe A2, KPPN Pangkalan Bun mempunyai tugas yaitu:
- Melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan bendaharan umum negara;
- Penyaluran pembiayaan atas beban negara; dan
- Penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui kas Negara berdasarkan peraturan perundang-undangan.
Dalam melaksanakan tugas tersebut di atas, KPPN Pangkalan Bun menyelenggarakan fungsi sebagai berikut:
- Pengujian terhadap surat perintah pembayaran berdasarkan peraturan perundang-undangan;
- Penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D) dari Kas Negara atas nama Menteri Keuangan selaku Bendahara Umum Negara;
- Penyaluran pembiayaan atas beban APBN;
- Penilaian dan pengesahan terhadap penggunaan uang yang telah disalurkan;
- Penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara melalui kas Negara;
- Pengiriman dan penerimaan kiriman uang;
- Penyusunan laporan pelaksanaan APBN;
- Penyusunan laporan realisasi pembiayaan yang berasal dari pinjaman dan hibah luar negeri;
- Penatausahaan PNBP;
- Penyelenggaraan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi;
- Pembuatan tanggapan dan penyelesaian temuan hasil pemeriksaan;
- Pelaksanaan kehumasan; dan
- Pelaksanaan administrasi KPPN.
Sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 169/PMK.01/2012 Pasal 25, KPPN Pangkalan Bun dipimpin oleh seorang Kepala Kantor, yang terdiri dari:
- Subbagian Umum;
- Seksi Pencairan Dana dan Manajemen Satker;
- Seksi Bank;
- Seksi Verifikasi, Akuntansi, dan Kepatuhan Internal; dan
- Kelompok Jabatan Fungsional (Pasal 33).