Sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 262/PMK.01/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan pada Pasal 25, KPPN adalah instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Kantor Wilayah.

Sebagaimana tercantum pada Peraturan Menteri Keuangan Nomor 262/PMK.01/2016 Pasal 31, sebagai KPPN Tipe A2, KPPN Pangkalan Bun mempunyai tugas yaitu:

1. Melaksanakan kewenangan perbendaharaan dan bendahara umum negara;
2. Penyaluran pembiayaan atas beban anggaran; dan
3. Penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui kas Negara berdasarkan peraturan perundang-undangan.

Dalam melaksanakan tugas tersebut di atas, KPPN Pangkalan Bun menyelenggarakan fungsi sebagai berikut:

1. Pengujian terhadap surat perintah pembayaran berdasarkan peraturan perundang-undangan;
2. Penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D) dari Kas Negara atas nama Menteri Keuangan selaku Bendahara Umum Negara;
3. Penyaluran pembiayaan atas beban APBN;
4. Penatausahaan penerimaan dan pengeluaran negara melalui dan dari Kas Negara;
5. Penyusunan laporan pelaksanaan APBN;
6. Pelaksanaan verifikasi transaksi keuangan dan akuntansi serta pertanggungjawaban bendahara;
7. Pembinaan dan pelaksanaan monitoring dan evaluasi PNBP;
8. Pelaksanaan tugas kepatuhan internal;
9. Pelaksanaan manajemen mutu layanan;
10. Pelaksanaan manajemen hubungan pengguna layanan (customer relationship management);
11. Pelaksanaan tugas dan penyusunan laporan Pembina Pengelola Perbendaharaan (treasury management representative);
12. Pelaksanaan dukungan penyelenggaraan sertifikasi bendahara;
13. Pengelolaan rencana penarikan dana;
14. Pengelolaan rekening pemerintah;
15. Pelaksanaan fasilitasi Kerjasama Ekonomi dan Keuangan Daerah;
16. Pelaksanaan layanan bantuan (helpdesk) penerimaan negara;
17. Pelaksanaan sistem akuntabilitas dan kinerja;
18. Pelaksanaan monitoring dan evaluasi kredit program;
19. Pelaksanaan Kehumasan dan layanan Keterbukaan Informasi Publik (KIP); dan
20. Pelaksanaan administrasi KPPN.

Sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 262/PMK.01/2016 Pasal  25, KPPN Pangkalan Bun dipimpin oleh seorang Kepala Kantor, yang terdiri dari:

1. Subbagian Umum;
2. Seksi Pencairan Dana dan Manajemen Satker;
3. Seksi Bank;
4. Seksi Verifikasi, Akuntansi, dan Kepatuhan Internal; dan
5. Kelompok Jabatan Fungsional (Pasal 29).