Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Purwodadi berdiri berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan tanggal 23 Juli 2001 Nomor : 442/KMK.01/2001 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Ditjen Anggaran, Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara, dan Kantor Verifikasi Pelaksanaan Anggaran. Saat itu KPPN masih bernama Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Purwodadi Tipe B. Seiring dengan reorganisasi di tubuh Kementerian Keuangan, berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan RI Nomor : 303/KMK.01/2004 nama KPKN Purwodadi berubah menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Purwodadi Tipe B.

Pada awal berdirinya di tahun 2001, KPPN Purwodadi menyewa sebuah gedung yang beralamat di Jalan A. Yani No. 365 Purwodadi Grobogan sebagai tempat perkantoran. Selanjutnya mulai tahun 2004 hingga sekarang, KPPN Purwodadi telah menempati gedung kantor permanen di Jalan M.H. Thamrin Purwodadi
Grobogan. Reorganisasi yang kembali bergulir di tahun 2008, mengubah tipe KPPN Purwodadi dari KPPN Tipe B menjadi KPPN tipe A2. Perubahan ini diatur melalui Peraturan Menteri Keuangan Nomor : 101/PMK.01/2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Ditjen Perbendaharaan.

Sejalan dengan semangat reformasi birokrasi yang digulirkan sejak tahun 2004, KPPN Purwodadi sebagai instansi vertikal Ditjen Perbendaharaan di daerah selalu berupaya meningkatkan kualitas pelayanan kepada mitra kerja. Pada tanggal 25 November 2009, KPPN Purwodadi melaunching Standard Operating Procedure (SOP) KPPN Percontohan bersamaan dengan ditetapkannya motto layanan yang baru “Melayani Setulus Hati dan Lebih Baik”.