Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Rantau Prapat merupakan salah satu instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan yang berada dibawah dan bertanggungjawab langsung kepada Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Sumatera Utara. Berlokasi di kota Rantau Prapat, Kabupaten Labuhanbatu, KPPN Rantau Prapat berada di jalur lintas timur Sumatera yang berdekatan dengan perbatasan provinsi Sumatera Utara dan Provinsi Riau. Secara geografis, kota Rantau Prapat adalah ibukota dari Kabupaten Labuhanbatu yang merupakan Kabupaten dengan luas wilayah 9.223,18 km2 atau setara dengan 12,87% luas wilayah provinsi Sumatera Utara. Kota Rantau Prapat sebagai ibukota dari Kabupaten Labuhanbatu yang berada di antara Kabupaten Labuhanbatu Utara dan Kabupaten Labuhanbatu Selatan merupakan daerah penghasil komoditas perkebunan, khususnya karet dan kelapa sawit
Cikal bakal KPPN Rantau Prapat adalah didirikannya Kantor Kas Negara (KKN) Rantau Prapat dan Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) Rantau Prapat yang merupakan kantor daerah Direktorat Jenderal Anggaran dan beralamat di Jalan Sisingamangaraja No. 62, Rantau Prapat. Di tahun 1990, menyusul reorganisasi Direktorat Jendral Anggaran, dilakukan penggabungan Kantor Kas Negara (KKN) dan Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) sehingga Kantor Kas Negara (KKN) Rantau Prapat dan Kantor Perbendaharaan Negara (KPN) Rantau Prapat bergabung menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Rantau Prapat. Selanjutnya, tahun 2004, KPKN berubah nomenklatur menjadi KPPN dengan SK Menteri Keuangan No. 302/KMK.01/2004, sehingga Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) Rantau Prapat berubah nomenklatur menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Rantau Prapat hingga saat ini.