Letak geografis Kabupaten Lombok Timur yang cukup jauh dari lokasi KPPN Mataram dan mengingat Kabupaten Lombok Timur merupakan wilayah terpadat penduduknya di Provinsi NTB, maka keberadaan KPPN Selong sangat diperlukan untuk lebih mendekatkan diri dengan satuan kerja/mitra kerja dan masyarakat luas yang dilayaninya. Dengan maksud untuk mendekatkan lokasi kantor pelayanan yang ada di Direktorat Jenderal Perbendaharaan dengan masyarakat penerima layanan (satuan kerja), maka dibukalah Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara Selong (KPKN) dan saat ini menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Selong untuk melayani pembayaran dalam wilayah Pemerintah Kabupaten Lombok Timur berdasarkan Surat Edaran Dirjen Anggaran Nomor SE-90/A/2002 tanggal 10 Juli 2002.
Pada tahun 2004, untuk lebih meningkatkan pelayanan publik secara transparan dan akuntabel serta sebagai wujud dari pelaksanaan reformasi birokrasi maka berdasar-kan Surat Keputusan Menteri Keuangan Nomor 302/KMK.01/2004 dan 203/KMK.01/2004, KPKN Selong berubah menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Selong. Hal ini merupakan konsekuensi pelaksanaan reformasi di bidang pengelolaan keuangan negara dengan diterbitkannya 3 (tiga) paket UU yaitu UU Nomor 17 tahun 2003 tentang Keuangan Negara, UU Nomor 1 tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara dan UU Nomor 15 tahun 2004 tentang Tentang Pemeriksaan Tanggungjawab Pengelolaan Keuangan Negara.
Pelaksanaan UU Nomor 17 tahun 2003 tentang Keuangan Negara dan Undang-undang Nomor 1 tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara merupakan perwujudan Reformasi Manajemen Keuangan yang memiliki implikasi perubahan fungsi yang menekankan pada Public Financial Administration menjadi ke fungsi Public Financial Management.
Dalam UU Nomor 17 tahun 2003 tentang Keuangan Negara secara eksplisit diuraikan hubungan antara Presiden, Kementerian Keuangan sebagai Chief Financial Officer (CFO), dan Menteri Negara/Pimpinan Lembaga yang menjalankan fungsi Chief Operational Officer (COO). Prinsip ini dipandang perlu dilaksanakan secara konsisten agar terdapat kejelasan dalam pembagian wewenang dan tanggung jawab, terlaksananya mekanisme cheks and balances serta untuk mendorong upaya peningkatan profesionalisme dalam penyelenggaraan tugas pemerintahan. Menteri Keuangan selaku CFO memberikan kepastian pendanaan dalam kerangka keberlanjutan fiskal, dan menetapkan aturan main dan praktek-praktek yang mendukung dan menuntut pemanfaatan sumber daya secara efisien.
Sebagai imbalan dari penerapan kerangka penganggaran yang disiplin, Menteri Negara/ Pimpinan Lembaga selaku COO sebagai pengguna anggaran mendapatkan kewenangan yang memadai dalam penyediaan layanan umum. Tanggungjawab COO meliputi: merumuskan strategi kementerian negara/lembaga yang jelas, menyusun rencana kerja dan anggaran, menggunakan sumberdaya secara efisien dan efektif, melaporkan kinerja dan penggunaan sumber daya yang ter sedia, serta melakukan evaluasi atas hasil kinerja. Pembagian kewenangan ini akan memberikan fleksibilitas bagi Menteri Negara/Pimpinan Lembaga sebagai Pengguna Anggaran dalam rangka pelaksanaan anggaran kementeriannya secara efisien dan efektif dalam rangka optimalisasi kinerja kementeriannya untuk meng-hasilkan output yang telah ditetapkan.
Sebagai konsekuensi dari penerapan UU Nomor 17 Tahun 2003 tentang Keuangan Negara yang kemudian diatur lebih lanjut dalam UU Nomor 1 Tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara, Menteri Negara/Pimpinan Lembaga sebagai Pengguna Anggaran (PA), dan semua satuan kerja (satker) jajarannya sebagai Kuasa Pengguna Anggaran (KPA), memiliki kewenangan sebagai Otorisator dan sekaligus sebagai Ordonatur bagi anggarannya masing-masing. Menteri Keuangan, beserta jajarannya, menurut kedua undang-undang ini hanya memiliki kewenangan Comptabel (Bendahara Umum Negara).
Otorisator diartikan sebagai perorangan/lembaga yang memiliki wewenang untuk melakukan tindakan yang dapat mengakibatkan adanya pengeluaran dan/atau penerimaan negara, sedangkan Ordonatur diartikan sebagai pihak yang berwenang melakukan pengujian atas tindakan yang dilakukan oleh Otorisator dan memerintahkan pembayaran kepada Comptabel.
Menteri Negara/ Pimpinan Lembaga selaku Pengguna Anggaran (PA) menunjuk Pejabat Kuasa Pengguna Anggaran (KPA) untuk satuan kerja/satuan kerja sementara di lingkungan instansi PA bersangkutan. KPA adalah pejabat yang memperoleh kewenangan dan tanggung jawab dari PA untuk menggunakan anggaran belanja negara yang dikuasakan kepadanya. Dalam rangka pelaksanaan anggaran belanja negara di lingkungan kementerian negara/lembaga yang dipimpinnya. Menteri Negara/ Pimpinan Lembaga dapat mendelega sikan kewenangannya kepada KPA untuk menunjuk PPK, Pejabat Penguji SPP/Penerbit SPM dan Bendahara Pengeluaran.
Menteri Keuangan selaku Bendahara Umum Negara (BUN) mengangkat Kuasa BUN untuk melaksanakan tugas kebendaharaan dalam rangka pelaksanaan APBN dalam wilayah kerja yang telah ditetapkan. Kuasa BUN adalah pejabat yang mempunyai kewenangan untuk dan atas nama BUN melaksanakan fungsi pengelolaan Rekening Kas Umum Negara, tempat penyimpanan uang negara yang ditentukan oleh Menteri Keuangan selaku BUN untuk menampung seluruh penerimaan negara dan membayar seluruh pengeluaran negara. Instansi vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan yang memperoleh kewenangan selaku Kuasa BUN adalah Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) sebelum menerbitkan Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D) terlebih dahulu melakukan pengujian secara substansial dan formal terhadap SPM yang diterimanya. KPPN Selaku Kuasa BUN di daerah berfungsi sebagai Comptabel/ juru bayar yang melaksanakan pencairan dana atas perintah Satuan Kerja. Perubahan yang fundamental ini juga berpengaruh pada pola perilaku pada jajaran Ditjen Perbendaharaan yang harus merubah mindset termasuk pegawai di KPPN Selong. Pada tahun 2008, Dalam rangka meningkatkan kinerja Kantor Vertikal di lingkungan Direktorat Jenderal Perbendaharaan, serta penyempurnaan terhadap organisasi dan tata kerja Kantor Wilayah dan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara maka sesuai dengan Peraturan Menteri Keuangan nomor 101/PMK.01/2008 Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Tipe B mengalami perubahan tipe menjadi Tipe A2, termasuk KPPN Selong.
Pada tanggal 2 Oktober 2012, KPPN Selong ditetapkan menjadi KPPN Percontohan dengan Keputusan Dirjen Perbendaharaan Nomor KEP-163/PB/2012. Perubahan terakhir pada struktur organisasi diatur dengan PMK Nomor 169/PMK.01/2012 dengan penambahan fungsi dan perubahan nomenklatur pada eselon IV dimana Seksi Pencairan Dana berubah fungsi dan nomenklatur menjadi Seksi Pencairan Dana dan Manajemen Satker sementara untuk Seksi Verifikasi dan Akuntansi berubah fungsi dan nomenklatur menjadi Seksi Verifikasi, Akuntansi dan Kepatuhan Internal serta Seksi Bank/Giro Pos berubah nomenklatur menjadi Seksi Bank sesuai dengan Tipe KPPN Selong sebagai KPPN Tipe A2. Berdasarkan data BPS Provinsi NTB tahun 2013, tingkat kepadatan penduduk Kabupaten Lombok Timur mencapai 699 jiwa/km2, jauh lebih tinggi dari pada tingkat rata-rata kepadatan penduduk Provinsi NTB yang hanya 228 jiwa/km2.
