Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Sidoarjo sebelumnya bernama Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPPN) Sidoarjo yang dibentuk berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Anggaran tanggal 23 Mei 2002 Nomor KEP-68/A/2002 sebagai KPKN tipe A terhitung tanggal 1 Oktober 2002. Pada awal beroperasinya, KPKN Sidoarjo menempati gedung Pemerintah Daerah Kabupaten Sidoarjo di jalan Diponegoro Nomor 14 Sidoarjo berada di bawah Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Jawa Timur yang pada saat itu bernama Kantor Wilayah XV Direktorat Jenderal Anggaran Surabaya.

          Latar belakang pembentukan KPKN Sidoarjo dilakukan sebagai implementasi hasil evaluasi terhadap volume kerja KPKN Surabaya I dan KPKN Surabaya II yang semakin bertambah. Selain itu sejalan dengan pelaksanaan otonomi daerah, pembukaan KPKN Sidoarjo merupakan langkah untuk mendekatkan pelayanan kepada stakeholder yang semula dilayani oleh KPKN Surabaya I dan KPKN Surabaya II.

           Adanya perkembangan organisasi dan pelaksanaan reformasi birokrasi di Kementerian Keuangan  berimplikasi pada perubahan nomenklatur kantor dari Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN) menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN), sesuai dengan Keputusan Menteri Keuangan RI tanggal 02 Mei 2005 Nomor 218/KMK.01/2005 tentang Organisasi dan Tata Kerja Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan dan Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara.

            Sejak berdirinya KPPN Sidoarjo tahun 2002 hingga tahun 2024 telah terjadi 9 kali pergantian Kepala Kantor.