Sejarah Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara Tahuna (KPPN Tahuna) tidak terlepas dari awal terbentuknya Kantor Jawatan Perbendaharaan dan Kantor Kas Negara berdasarkan Surat Keputusan Menteri Urusan Pembiayaan dan Pengawasan (sekarang Menteri Keuangan) No. PKN/I/6/4 pada tanggal 22 Desember 1964.
Diterbitkannya Keputusan Presiden No. 44 Tahun 1979 tentang Pokok-pokok Organisasi Departemen secara otomatis telah mengubah Struktur Organisasi Departemen Keuangan sehingga keluarlah Surat Keputusan Menteri Keuangan No. 288/KMK/01/1980 tanggal 14 Mei 1980 yang mengintegrasikan Kantor Bendahara Negara (KBN) menjadi Kantor Perbendaharaan Negara/Kantor Kas Negara (KPN/KKN). Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan ini, KPN/KKN Tahuna mulai beroperasi pada pertengahan bulan Juni tahun 1982, yang selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Menteri Keuangan No. 645/KMK-01/1989 tanggal 12 Juli 1989, KPN/KKN disatukan dan namanya berubah menjadi Kantor Perbendaharaan dan Kas Negara (KPKN).
Pada tahun 2004, diterbitkan Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 37 Tahun 2004 tentang Kedudukan, Tugas, Fungsi, Susunan Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal di lingkungan Departemen Keuangan dan dengan Surat Keputusan Menteri Keuangan RI No. 303/KMK.01/2004 tanggal 23 Juni 2004, KPKN diubah namanya menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara yang sekaligus mengubah nomenklatur KPKN Tahuna menjadi Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) Tahuna dan menjadi unit instansi vertical Direktorat Jenderal Perbendaharaan yang berada di bawah dan bertanggungjawab langsung kepada Kepala Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Perbendaharaan Provinsi Sulawesi Utara.
Selanjutnya, status KPPN Tahuna kembali mengalami perubahan, yaitu sejak ditetapkannya kantor ini sebagai KPPN Percontohan mulai tanggal 1 Oktober 2012. Adapun perubahan ini adalah sebagai tindak lanjut reformasi birokrasi di lingkungan Kementerian Keuangan Republik Indonesia demi menciptakan kantor layanan yang mengedepankan aspek kecepatan, ketepatan, transparansi, dan pelayanan tanpa biaya untuk mewujudkan good governance dan clean government.
