KPPN Tahuna dipimpin oleh seorang Kepala Kantor yang membawahi tiga seksi, satu subbagian, dan dua pejabat fungsional dalam menjalankan tugas pelayanan perbendaharaan negara di wilayah kerjanya.

Saat ini KPPN Tahuna dipimpin oleh Ranu Fatah Wijoyo selaku Kepala Kantor. 

Pada jalur struktural, Kepala Kantor membawahi empat unit kerja. Seksi Pencairan Dana dan Manajemen Satker (PDMS) dipimpin oleh Ahmad Alwi Magroby, dengan Samuel Kurnia A. W. sebagai pelaksana. Seksi Bank dipimpin oleh Suranto. Seksi Verifikasi, Akuntansi, dan Kepatuhan Internal (VERAKI) dipimpin oleh Bethoven Saul sebagai pelaksana tugas (Plt.) Kasi VERAKI. Adapun Subbagian Umum dipimpin oleh Didik Prasetiyo, dengan Rifqi Syihabuddin dan Yandris Mangarip sebagai pelaksana.

Selain pegawai struktural, KPPN Tahuna juga didukung oleh enam tenaga Pegawai Pemerintah Non-Pegawai Negeri (PPNPN), yaitu Godfried A. Pangandaheng, Stenley A. Papona, Jurry Deeng, Mardiani Tamahae, Fadila R. Janis, dan Fransien R. Sudarmanto, yang berada dalam koordinasi Subbagian Umum.