KPPN Tahuna dipimpin oleh seorang Kepala Kantor yang membawahi tiga seksi, satu subbagian, dan dua pejabat fungsional dalam menjalankan tugas pelayanan perbendaharaan negara di wilayah kerjanya.

Saat ini KPPN Tahuna dipimpin oleh Ranu Fatah Wijoyo selaku Kepala Kantor. Pada jalur fungsional, Kepala Kantor didukung langsung oleh dua orang Pejabat Fungsional PTPN, yaitu Rio Andy Aryansyah dan Noprid R. Dalapang.

Pada jalur struktural, Kepala Kantor membawahi empat unit kerja. Seksi Pencairan Dana dan Manajemen Satker (PDMS) dipimpin oleh Ahmad Alwi Magroby, dengan Samuel Kurnia A. W. sebagai pelaksana. Seksi Bank dipimpin oleh Suranto, dengan Yulia Astuti sebagai pelaksana. Seksi Verifikasi, Akuntansi, dan Kepatuhan Internal (VERAKI) dipimpin oleh Ramanda Ady Putra, dengan Bethoven Saul sebagai pelaksana. Adapun Subbagian Umum dipimpin oleh M. Zulham T. Maradjabesi, dengan Rifqi Syihabuddin dan Yandris Mangarip sebagai pelaksana.

Selain pegawai struktural dan fungsional, KPPN Tahuna juga didukung oleh enam tenaga Pegawai Pemerintah Non-Pegawai Negeri (PPNPN), yaitu Godfried A. Pangandaheng, Stenley A. Papona, Jurry Deeng, Mardiani Tamahae, Fadila R. Janis, dan Fransien R. Sudarmanto, yang berada dalam koordinasi Subbagian Umum.